蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)決定了蛋白質(zhì)的功能，施一公老師在15年發(fā)表的幾篇重量級(jí)的文章都是關(guān)于蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)解析的。我們今天不介紹如何通過實(shí)驗(yàn)得到蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，今天我們介紹如何查看已有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)。

1 我們首先下載蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)查看軟件pyMol（http://www./tools/software/），下載后直接安裝，注意路徑名不能有中文。

2 接下來我們?nèi)ツ睦镎胰S結(jié)構(gòu)呢？可以上ncbi的數(shù)據(jù)庫(kù)structrue，我們搜索p53，打開如下頁面：http://www.ncbi.nlm./Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=103701

格式選擇PDB格式，然后點(diǎn)擊View structure，保存在本地硬盤上，注意保存路徑也不要有中文。

3 我們打開剛才安裝好的pymol，界面如下：

主要分為兩個(gè)部分，上面的是命令行區(qū)域，下面黑色的是顯示區(qū)域。

4 我們通過“File->open”打開剛才下載的PDB文件：

5 上面的圖一點(diǎn)都不好看。我們?cè)诿钚欣锩孑斎搿皊how cartoon”，意思是顯示動(dòng)畫，就是我們經(jīng)?？吹降娜S結(jié)構(gòu)了：

6 上面的圖像看上去太雜了，我們簡(jiǎn)化處理，我們把線條隱藏，輸入命令“hide lines”

7 輸入不同的命令行會(huì)有不同的顯示方式。（每次輸入命令行之前最好輸入”hide all” 清除先前的效果）。

Show spheres

show mesh

show surface

8 我們可以標(biāo)記我們自己感興趣的氨基酸，比如我們想標(biāo)記里面所有的亮氨酸為紅色

Color red,resn leu

9 當(dāng)然我們還可以用來做動(dòng)畫：

依次輸入命令：

mset 1 x30

util.mrock(1,30,60,1,1)

set ray_trace_frames=1

set cache_frames=1

mplay

mpng mov

10 上面都是截圖，效果不是太好，我們想得到一張清晰的圖片，可以使用命令：

ray

png E://abc.png

上面就是將當(dāng)前視圖渲染到 E盤的abc.png中