條件性基因敲除小鼠的設(shè)計利用了Cre/LoxP或Flipe/Frt原理。它們都是位點特異性重組 酶系統(tǒng)。這里以Cre/LoxP系統(tǒng)為例。比如在待敲除的一段目標(biāo)DNA序列的兩端各放置一個loxP序列，得到flox(flanked by loxP)小鼠。將flox小鼠與帶有細(xì)胞特異性表達(dá)Cre的小鼠交配繁殖，以獲得在特定細(xì)胞里把目標(biāo)基因敲除掉的小鼠，即條件性基因敲除小鼠。此外，若與控制Cre表達(dá)的其他誘導(dǎo)系統(tǒng)(比如CreERT2)相結(jié)合，還可以對某一基因同時實現(xiàn)時空兩方面的調(diào)控。

Cre/loxP系統(tǒng)來源于噬菌體，可以介導(dǎo)位點特異的DNA重組 。該系統(tǒng)含有兩個組成成分：一個是一段長34bp的DNA序列(LoxP序列)，含有兩個13 bp的反向重復(fù)序列和一個8 bp的核心序列。 LoxP的方向由中間這8個堿基決定。這段LoxP序列是Cre重組酶識別的位點。 令一個組成部分是Cre重組酶。它是由噬菌體編碼的一種由343個氨基酸組成的蛋白。Cre可以介導(dǎo)兩個LoxP位點的重組，從而引起兩個LoxP之間DNA序列的缺失。如果將Cre重組酶cDNA通過基因工程的手段置于組織或細(xì)胞特異性啟動子之下，可以得到Cre組織/細(xì)胞特異性表達(dá)的Cre小鼠，也叫Cre工具小鼠。 跟Flox小鼠交配之后，可以得到條件性基因敲除小鼠。

所謂Flox小鼠是指在某個基因的某個外顯子兩側(cè)各放一個LoxP序列。這段序列就是Flanked by LoxP，也就叫做Flox小鼠。這種Flox小鼠一般要通過設(shè)計構(gòu)建打靶載體、胚胎干細(xì)胞重組 、囊胚顯微注射、和嵌合體小鼠傳代來獲得。這種小鼠跟Cre工具小鼠交配，由于Cre的表達(dá)，介導(dǎo)兩個LoxP位點序列的重組，從而敲除兩個LoxP之間的序列。由于不同Cre工具小鼠的Cre表達(dá)有組織/細(xì)胞特異性，就可以達(dá)到在不同組織、細(xì)胞里特異性敲除目的基因的目標(biāo)。比如上皮細(xì)胞、胸腺細(xì)胞、T細(xì)胞、B細(xì)胞、心肌細(xì)胞、腸道、肺臟等。

那如何設(shè)計條件性基因敲除小鼠呢?這里所說的設(shè)計主要是Flox小鼠的設(shè)計。所謂條件性敲除，是說除了特定細(xì)胞外，其它細(xì)胞里面沒有任何的基因表達(dá)異常。一般情況下，不要在第一個外顯子前面放置LoxP序列。因為第一個外顯子前面一般是啟動子。放置LoxP序列有可能會破壞或改變啟動子活性。條件性敲除一般是敲掉最早引起移碼突變的外顯子。這樣的話，最好不要敲除有起始密碼子ATG的外顯子。否則的話，基因可能會利用ORF內(nèi)的ATG編碼一個缺少部分N端序列的蛋白，這個蛋白很可能有全部或部分野生蛋白的功能。在選擇要敲除的外顯子的時候(各放一個LoxP在一個外顯子的兩側(cè))，該外顯子的堿基數(shù)目不能是3N，否則新基因pre-RNA拼接得到的mRNA不能產(chǎn)生移碼突變。會產(chǎn)生一個與野生蛋白相比少了一段中間序列的新蛋白。如果一個外顯子的堿基數(shù)目是3N+1或3N+2，敲除這個外顯子之后會產(chǎn)生移碼突變，就可以達(dá)到基因敲除的目的。篩選要敲除(Floxed)的外顯子的時候，一般是從最上游的外顯子開始篩選適合敲除的外顯子。需要注意的是，一般的DNA分析軟件 不能確定內(nèi)含子和外顯子的邊界，需要仔細(xì)核對。95%以上的邊界遵循gt/ag邊界原則。也可以在Ensembl上查一個基因的外顯子和內(nèi)含子。這個網(wǎng)站上的結(jié)果絕大部分是正確的。但也需要仔細(xì)核對。畢竟基因敲除小鼠研發(fā)是一個時間比較長的過程，需要特別小心。前期做多少的考慮都不嫌多。這些原則只是對一般課題的考慮。特殊情況需要特殊處理。比如，如果只是想敲除一個基因的某個特定domain，或是如果一個基因有一個很大的外顯子，這個時候即使這個外顯子的堿基數(shù)目是3N，也可以對其進行敲除。