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GO和KEGG富集分析作為差異基因富集分析的雙生花，從基因功能和通路分析兩個(gè)側(cè)重點(diǎn)解讀差異基因的生物學(xué)功能，是數(shù)據(jù)解讀的兩大重要工具。 上次我們從認(rèn)識(shí)KEGG信號(hào)通路圖里的常見(jiàn)符號(hào)，數(shù)字以及圖標(biāo)的顏色三個(gè)方面介紹了KEGG信號(hào)通路圖的基礎(chǔ)知識(shí)（手把手教你看KEGG通路圖！），使我們能讀懂KEGG復(fù)雜信號(hào)通路這本天書(shū)，基于該結(jié)果解讀我們研究的生物學(xué)問(wèn)題。下面我們認(rèn)識(shí)一下GO富集分析的真面目。 GO，Gene Ontology，是基因功能?chē)?guó)際標(biāo)準(zhǔn)分類(lèi)體系。它旨在建立一個(gè)適用于各種物種的，對(duì)基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述的，并能隨著研究不斷深入而更新的語(yǔ)言詞匯標(biāo)準(zhǔn)。GO分為分子功能（Molecular Function）、生物過(guò)程（Biological Process）、和細(xì)胞組成（Cellular Component）三個(gè)部分。我們使用GOseq軟件，基于 Wallenius non-central hyper-geometric distribution數(shù)學(xué)模型，對(duì)差異基因進(jìn)行GO富集分析。 GO富集分析的結(jié)果主要有兩種展現(xiàn)形式：柱狀圖和DAG（有向無(wú)環(huán)圖），柱狀圖主要是對(duì)富集結(jié)果的統(tǒng)計(jì)，故在此我們主要挖掘反映GO term上下層級(jí)關(guān)系以及富集程度的DAG圖，實(shí)例如下： 1.認(rèn)識(shí)DAG圖里的符號(hào) 2. 認(rèn)識(shí)DAG圖里的數(shù)字 3.認(rèn)識(shí)DAG圖里的顏色 圖形的顏色反映了差異基因在GO term的富集程度，顏色越深富集越顯著，紅色最顯著，黃色次之，無(wú)色代表富集不顯著。 通過(guò)以上三點(diǎn)我們看懂GO富集的天書(shū)，但是看懂不是目的，結(jié)合生物學(xué)問(wèn)題對(duì)天書(shū)的解讀是關(guān)鍵，基本原則如下：
綜上可知，GO富集分析結(jié)果的解讀，應(yīng)該從生物學(xué)意義的角度出發(fā)，Pvalue 和 Q value只是個(gè)參考而已（那些不顯著的GO term也值得解讀），真的不用太迷信哦！ 記住，解決生物學(xué)問(wèn)題才是數(shù)據(jù)解讀的真正目的，富集分析只是從統(tǒng)計(jì)學(xué)上尋找核心基因。數(shù)據(jù)的功能注釋角度的解讀比統(tǒng)計(jì)學(xué)角度的解度更重要！??！ 奧維森基因科技是行業(yè)領(lǐng)先的跨組學(xué)技術(shù)合作伙伴，公司具有多年大項(xiàng)目合作經(jīng)驗(yàn)的生物信息分析團(tuán)隊(duì)，及技術(shù)實(shí)力雄厚的研發(fā)團(tuán)隊(duì)。同時(shí)，公司還擁有多年相關(guān)行業(yè)經(jīng)驗(yàn)的企業(yè)運(yùn)營(yíng)管理人才、有海外工作經(jīng)歷和海外留學(xué)背景的國(guó)際化人才以及國(guó)內(nèi)外資深行業(yè)顧問(wèn)團(tuán)隊(duì)。奧維森基因科技致力于將國(guó)際領(lǐng)先的基因組學(xué)和生物信息學(xué)技術(shù)相結(jié)合，提供優(yōu)質(zhì)、高效、性?xún)r(jià)比優(yōu)的技術(shù)服務(wù)。 文案 | 吉老師 編輯 | 王小紀(jì) |
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來(lái)自： 田明17grajsnth > 《Go KEGG》
