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很多小伙伴都不造如何開(kāi)始自己的課題，基因蛋白千千萬(wàn)，到底要研究哪一個(gè)呢？老板某天突發(fā)靈感說(shuō)A基因挺熱，搜搜文獻(xiàn)看看能不能也蹭一蹭，跪了，又要查文獻(xiàn)，寶寶不想5555。。。 我就是懶得搜文獻(xiàn)，有沒(méi)有一種隨便挑個(gè)基因，就能給我出個(gè)文章思路的工具?。?！ ——小編發(fā)現(xiàn)真的有啊，這個(gè)“懶人工具”整合了多個(gè)主流數(shù)據(jù)庫(kù)及數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)，從相關(guān)文獻(xiàn)、功能通路、表達(dá)概況和疾病（表型）四個(gè)角度來(lái)統(tǒng)計(jì)和評(píng)價(jià)基因研究情況。  于是乎一篇文章的思路就這樣硬生生的被挖了出來(lái)！文章題目就是↓↓： “A基因通過(guò)B通路調(diào)控C表型” 首先，拿CXCL14基因來(lái)舉個(gè)栗子，在這個(gè)“懶人工具”中輸入該基因后，出現(xiàn)這樣↓↓一張類(lèi)似雷達(dá)的科研熱度圖，看了這個(gè)，至少你能回答老板的“這個(gè)基因值得做嗎？  上圖中，根據(jù)基因在數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋情況，從相關(guān)文獻(xiàn)、通路、功能、已驗(yàn)證的靶向miRNA、和疾病五個(gè)角度來(lái)統(tǒng)計(jì)和評(píng)價(jià)基因研究情況。 1. 相關(guān)文獻(xiàn)：被文獻(xiàn)報(bào)道的總次數(shù)； 2. 通路：即根據(jù)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因與基因組大百科全書(shū)），統(tǒng)計(jì)基因參與的通路的數(shù)量； 3. 功能：即根據(jù)Go數(shù)據(jù)庫(kù)（Gene Ontology，基因本體學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)），統(tǒng)計(jì)基因參與的功能(生物過(guò)程)的數(shù)量。 4. 已驗(yàn)證的靶向microRNA：已經(jīng)有文獻(xiàn)發(fā)表驗(yàn)證的miRNA的數(shù)量。 5. 疾?。阂呀?jīng)有文獻(xiàn)發(fā)表的疾病數(shù)量。 接下來(lái)，進(jìn)一步挖掘出基因與疾病的對(duì)應(yīng)關(guān)系。工具中統(tǒng)計(jì)了基因涉及的TOP20個(gè)疾病。每種疾病相關(guān)的文獻(xiàn)數(shù)目已在圖中列出，直接點(diǎn)擊就可以查看文獻(xiàn)了！  回顧下我們的課題思路是啥？ A基因通過(guò)B通路調(diào)控C表型。 下面重要的一步來(lái)了。了解A基因調(diào)控某疾?。ū硇停┑臋C(jī)制（每個(gè)基因與基因之間都有非常多的調(diào)控關(guān)系），這個(gè)工具從基因相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子、miRNA、lncRNA和上下游相關(guān)基因的四個(gè)角度（基本上差不多的機(jī)制都涵蓋了）來(lái)展示基因與基因間的關(guān)系。 直接點(diǎn)擊某一個(gè)基因就可以看到兩者（比如說(shuō)CXCL14和CXCR6）具體的調(diào)控關(guān)系。  1. 轉(zhuǎn)錄因子：已經(jīng)有文獻(xiàn)報(bào)道的相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子； 2. miRNA：已經(jīng)有文獻(xiàn)報(bào)道的相關(guān)miRNA； 3. lncRNA：依據(jù)文獻(xiàn)挖掘可能有關(guān)的lncRNA；（準(zhǔn)確性較弱） 4. 上下游相關(guān)基因：依據(jù)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因與基因組大百科全書(shū)）的基因上下游關(guān)系。 以上就幫我們節(jié)省了查文獻(xiàn)的時(shí)間，因?yàn)檗D(zhuǎn)錄因子、miRNA都是文獻(xiàn)報(bào)道已知的。 接下來(lái)可以創(chuàng)新了，比如要預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子： 看下圖↓↓，直接給出了預(yù)測(cè)的轉(zhuǎn)錄因子+可能的甲基化位點(diǎn)+SNP位點(diǎn)！ 此時(shí)你的文章又高了一個(gè)lever，題目已經(jīng)變成： “某MiRNA甲基化調(diào)控A基因通過(guò)B通路促進(jìn)/抑制C表型” 最后，臨床的小伙伴會(huì)問(wèn)，我要知道人的樣本中A基因的表達(dá)情況咋辦？有辦法！ 工具直接收集了TCGA中的標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)文件，可以直接使用(時(shí)間為2016年6月，已經(jīng)很新了)，顯示該基因在33種腫瘤的癌組織和正常組織的表達(dá)情況。  此時(shí)此刻，有沒(méi)有人想問(wèn)這個(gè)平臺(tái)鏈接呢？鏈接呢？鏈接呢？ （會(huì)不會(huì)有想ko小編的沖動(dòng)） 敲黑板啦~~名額有限，還是在留言區(qū)說(shuō)說(shuō)你為什么想要和對(duì)課題思路的想法。 和提供方苦口婆心磨嘴皮子，要讓更多的小伙伴能用上，Bingo，最終我們可以陽(yáng)光普照一下啦，凡是留言點(diǎn)贊數(shù)達(dá)到10的小伙伴都可以獲得使用權(quán)限（點(diǎn)贊數(shù)量最多的前3位，會(huì)有想不到的神秘禮物哦）。2017年8月17日中午12點(diǎn)整截止哦~ |
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