荊州刺史殷仲堪派殷遹率七千水軍到達(dá)西江口防守，桓玄派郭銓和苻宏（苻堅(jiān)之子，曾為前秦太子，苻堅(jiān)兵敗被擒后，苻宏因?yàn)閲?guó)內(nèi)遍地皆反走投無路投奔了東晉，成了桓玄的部下。）進(jìn)攻他，殷遹不敵敗走，桓玄駐扎在巴陵，吃的是殷仲堪留下的糧食。殷仲堪派楊廣和自己的侄兒殷道護(hù)等人抵抗，又被桓玄打敗，江陵一帶大為震驚恐慌。

殷仲堪所在的江陵城中缺乏糧食，士兵們只能靠胡麻來充饑。桓玄乘勝到達(dá)零口，距離江陵只有二十里的距離。殷仲堪急忙寫信請(qǐng)楊佺期前來救援自己，楊佺期卻說：“江陵沒有糧草，用什么來對(duì)付敵人，你可以屈尊到我這里來，我們一起據(jù)守襄陽。”

殷仲堪只想保全自己的部隊(duì)和地盤，不打算放棄自己的屬地到別處流亡，于是欺騙楊佺期說：“最近我們征集到了許多糧草，已經(jīng)有所儲(chǔ)備了?！?/p>

楊佺期相信了他，率領(lǐng)精壯步騎八千人，兵強(qiáng)馬壯，鎧甲錚亮發(fā)光，到達(dá)江陵后，殷仲堪卻只能用一些米飯來犒賞他的軍隊(duì)。楊佺期十分生氣地說：“這一次必?cái)o疑了！”連殷仲堪也不去會(huì)見，便與他的哥哥楊廣一起向桓玄發(fā)動(dòng)進(jìn)攻。

桓玄害怕他的銳氣，把部隊(duì)退到馬頭。第二天，楊佺期又帶兵緊急攻打郭銓，幾乎都要抓到郭銓了，恰好趕上桓玄的兵馬來到，楊佺期軍隊(duì)大敗潰散，他一個(gè)人騎著馬逃奔襄陽，殷仲堪也逃奔酂（cuo）城。

桓玄派遣馮該追捕楊佺期和楊廣兄弟，把他們?nèi)孔プ⒌袅?，又把他們的人頭送到建康。楊佺期的弟弟楊思平、堂弟楊尚寶、楊孜敬逃到蠻族地區(qū)。殷仲堪聽說楊佺期已經(jīng)死了，無心戀戰(zhàn)，帶著幾百人想要去投奔長(zhǎng)安，走到冠軍城時(shí)，馮該帶兵追上并把他抓了起來，回到柞溪，逼迫他自殺，并且殺死了他的侄子殷道護(hù)。

殷仲堪信奉天師道，向鬼神祈禱祭祀從不吝惜錢財(cái)，對(duì)周濟(jì)急需幫助的人卻過于小氣。他喜歡用一些小恩小惠來取得別人的歡心，但功于心計(jì)，使用計(jì)謀過于頻繁，又缺乏遠(yuǎn)見卓識(shí)和雄才大略，所以才導(dǎo)致慘敗身亡。

殷仲堪逃走的時(shí)候，沒有一個(gè)來送行的人，只有羅企生一個(gè)跟他走。羅企生路過家門時(shí)，他的弟弟羅遵生說：“我們現(xiàn)在這樣分別，你不和我握一下手嗎？”

羅企生把馬轉(zhuǎn)過來，伸手給弟弟，羅遵生非常有力，把他從馬上拉了下來，說：“家里還有年邁的母親，你要跑到哪里去？”

羅企生流著淚說：“今天這事，我是一定要去死了，由你供養(yǎng)老母，不會(huì)失去兒子的孝道。我們一家之中，既有忠于主上的，也有盡孝道的，還有什么可以遺憾的呢？”

羅遵生把他抱得越發(fā)緊了，殷仲堪在路上等著，看到羅企生根本沒有掙脫的希望，就獨(dú)自騎馬走了。

桓玄到達(dá)荊州的時(shí)候，荊州的人士沒有不去拜訪的，只有羅企生一個(gè)人不去，卻在料理殷仲堪家里的后事。有人說：“你這樣做，一定會(huì)大禍臨頭！”

羅企生說：“殷侯待我以國(guó)士，我只是被弟弟牽制，才不能跟他一起去殺那些丑惡的叛逆之徒，現(xiàn)在還有什么臉面去桓玄那里乞求保全性命呢！”

桓玄聽聞了這番話，很是生氣，但他又想收服人心，于是對(duì)待羅企生一直很好，他先是派人告訴羅企生說：“你如果向我道歉，我就會(huì)放過你！”

羅企生卻說：“我是殷仲堪手下的一員官吏，殷仲堪失敗，我不能救助他，還有什么可以道歉的呢？”

桓玄這才把他抓了起來，又派人去問羅企生還有什么話想說，羅企生說：“晉文帝殺了嵇康，他的兒子嵇紹卻是晉朝的忠臣，我只向你請(qǐng)求，留下我的一個(gè)弟弟，讓他侍奉我的老母！”桓玄于是殺了羅企生，而赦免了他的弟弟。

桓玄在攻克了荊州、雍州之后，向朝廷上疏請(qǐng)求管轄江、荊二州。朝廷下詔，任命桓玄都督七州諸軍事、荊州刺史，但是把江州給了桓修?；感俅紊鲜瑁瑘?jiān)持要求兼管江州，于是朝廷只得提升桓玄督八州軍事，再兼任江州刺史。

桓玄又任命自己的哥哥桓?jìng)橛褐荽淌?，侄兒桓振為淮南太守，朝廷也不敢拒絕。

東部的謝琰屢戰(zhàn)屢勝，他在將孫恩逼得逃往海島后，心中升起了輕敵之心。朝廷因?yàn)樗Y深望重，命他鎮(zhèn)守會(huì)稽，但他既不撫慰百姓，又不整頓裝備。手下的將領(lǐng)都勸告他說：“孫恩為首的盜賊近在海邊，正在窺探我們的態(tài)度，我們是否應(yīng)該給他們提供一個(gè)悔過自新的機(jī)會(huì)呢？”

謝琰嗤之以鼻，說：“苻堅(jiān)的軍隊(duì)有百萬之多，還不是在淮南的淝水落得個(gè)送死的下場(chǎng)，孫恩這個(gè)小小的蟊賊，慘敗之后逃到海中，怎么還能跑出來呢？如果他真的回到陸地上來，那是老天爺準(zhǔn)備殺他了?！保?strong>謝琰在淝水之戰(zhàn)中帶領(lǐng)晉軍以少勝多，因戰(zhàn)功被封為望蔡公。）

謝琰不知道的是，孫恩海上叛亂被后世稱為“中原?？苤肌?，他為后來的海盜活動(dòng)提供了經(jīng)驗(yàn)，后人常稱海盜為孫恩，孫恩即海盜的代名詞，可見其影響力之深遠(yuǎn)。

不久之后，孫恩果然帶兵進(jìn)犯浹口，進(jìn)入余姚，攻破了上虞，進(jìn)軍到了邢浦。謝琰派參軍劉宣之把他打敗，孫恩退了回去。

沒有幾天，孫恩又重新進(jìn)犯邢浦，上黨太守張虔碩在作戰(zhàn)中失敗，孫恩乘勝縱深向會(huì)稽城挺進(jìn)。部將都認(rèn)為應(yīng)該嚴(yán)密防守，在南湖設(shè)水軍列陣，并分派伏兵突擊來襲的叛軍，然而謝琰都沒有聽從。

孫恩的軍隊(duì)到達(dá)會(huì)稽城時(shí)，謝琰正準(zhǔn)備吃飯，他不慌不忙地說：“我消滅了這個(gè)賊盜之后再回來吃飯?！比缓罂缟蠎?zhàn)馬，出城迎戰(zhàn)。他先派遣桓寶為前鋒，殺敵甚多。但后來謝琰在河塘之間的窄路行軍時(shí)，被孫恩在船艦中射箭攻擊，當(dāng)時(shí)謝琰帳下都督張猛從后砍謝琰的馬，謝琰墮地被殺死，二個(gè)兒子謝肇和謝竣同時(shí)遇害。

吳興太守庾桓害怕當(dāng)?shù)氐陌傩赵俅雾憫?yīng)孫恩，一連殺死了幾千名百姓。孫恩掉轉(zhuǎn)方向進(jìn)犯臨淮，朝廷震驚，派遣將軍桓不才、孫無終、高雅之等前去抵抗。

高雅之與孫恩在余姚交戰(zhàn)，高雅之大敗，向山陰逃跑，士兵戰(zhàn)死的有十分之七八。朝廷再下詔，任命劉牢之統(tǒng)帥兵眾前去攻擊孫恩。猛將劉牢之出馬自然是不同凡響，孫恩戰(zhàn)敗被迫逃回大海，劉牢之于是在上虞駐扎，并派遣劉裕去戍守句章。