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忘了早點(diǎn)告訴你：原來(lái)基金的基因綜述這么寫(xiě)！

 柳葉刀star 2017-07-06
導(dǎo)讀
　　酸菜提醒：基金的季節(jié)又來(lái)了！
　　又要開(kāi)始寫(xiě)基金了，小伙伴們一看到基金兩個(gè)字就開(kāi)始頭疼，要寫(xiě)啥基因要老板來(lái)定，接著是查綜述文獻(xiàn)，翻譯整理，寫(xiě)分子綜述。要知道，綜述文章是最最難懂的……
　　小伙伴提問(wèn)：實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是差不多，流程也能模塊化，但就是這基因綜述不好編啊……怎么辦？有沒(méi)有啥快點(diǎn)的辦法能寫(xiě)點(diǎn)分子綜述出來(lái)??？
　　答：那要用NCBI了！
　　NCBI？是查序列么？當(dāng)然不是！用NCBI就是要挖掘更多可能的信息！
　　我們從最基本的開(kāi)始：我們經(jīng)常使用NCBI的Gene （http://www.ncbi.nlm./gene/）。用Hotair來(lái)做個(gè)例子吧，這個(gè)是比較火的LncRNA。
　　點(diǎn)開(kāi)后，首先就可以看到一個(gè)Summary，這就是對(duì)這個(gè)基因的整體分析了。但有了這個(gè)還不夠，向下拉，可以發(fā)現(xiàn)一個(gè)叫做GeneRIF的欄目，這個(gè)欄目主要是注釋了已有的對(duì)該基因的功能的報(bào)道。
　　點(diǎn)進(jìn)See all，可看到所有的功能注釋及文獻(xiàn)表格。
　　接下去我們要用的一個(gè)NCBI搜索頁(yè)面是IEB，大家估計(jì)聽(tīng)都沒(méi)聽(tīng)過(guò)NCBI的信息工程部（IEB，Information Engineering Branch），想想也和基因的功能什么扯不上關(guān)系，IEB確實(shí)有兩個(gè)很實(shí)用的工具，一個(gè)是Aceview，另一個(gè)是Spidey。
　　Spidey主要做的是基因Blast，比如你做RACE獲得了一個(gè)mRNA，但不知道是哪個(gè)基因，也不知道在哪個(gè)位置，用這個(gè)工具來(lái)Blast，能找出外顯子內(nèi)含子的分布，不過(guò)這對(duì)分子綜述寫(xiě)作來(lái)說(shuō)幫助不大，但作為一個(gè)技能，酸菜勸你還是先記下為上！
　　Aceview（http://www.ncbi.nlm./IEB/Research/Acembly/index.html）主要是對(duì)基因的一種注釋?zhuān)瑢?duì)于基因的位置上下游，基因的功能，可能互作的基因，都有注釋。同時(shí)，還可以采用Blast的方法，來(lái)搜索序列，獲得序列所對(duì)應(yīng)的基因的信息。蠻方便的不是么？但是有個(gè)小問(wèn)題，就是里面所包含的信息基本上都是2010年前的信息，所以對(duì)于功能所注釋的文章而言，有點(diǎn)弱了。
　　要是需要些與各種疾病相關(guān)的內(nèi)容怎么辦？我們可以進(jìn)入到NCBI的Clin Var頁(yè)面（http://www.ncbi.nlm./clinvar/）進(jìn)行搜索，用PTEN做個(gè)例子。點(diǎn)擊進(jìn)入后，即可看見(jiàn)與PTEN相關(guān)的疾病表型，但這些表型內(nèi)有良性的及不確定表型等，需要一個(gè)個(gè)去查看哦。
　　最后講講OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）：人的孟德?tīng)栠z傳網(wǎng)（http://www.ncbi.nlm./omim）。一款公布在公眾醫(yī)學(xué)（PUBMED）上的資料庫(kù)，支持在線搜索。主要內(nèi)容是遺傳和變異的基因的相關(guān)信息。其中對(duì)基因是如何克隆的，以及表達(dá)的描述，都是非常詳盡的。同時(shí)也都附有相關(guān)文獻(xiàn)的鏈接。用來(lái)做分子綜述的參考也是沒(méi)話說(shuō)的！
　?。暶鳎航饴菪С衷瓌?chuàng)，如果您覺(jué)得我們內(nèi)容很有價(jià)值，想推薦給更多的人，轉(zhuǎn)載需要經(jīng)過(guò)彪悍的酸菜和老談同意哦?。?div>

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