崇禎十七年三月，李自成率領(lǐng)的農(nóng)民軍攻破北京，崇禎帝于煤山自縊殉國，在臨死之前，崇禎帝下令內(nèi)侍將太子朱慈烺、永王朱慈照、定王朱慈炯三人送往外戚周奎家中避險，但在李自成入京之后周奎就將三人獻出，李自成將太子、永王、定王帶入軍中，四月二十一日，為征討不愿歸附的吳三桂，李自成親率大軍前往山海關(guān)，但在一片石一役中被吳軍及清軍擊敗，大敗之下的李自成匆忙率殘軍逃回京城，隨軍出征的太子、永王及定王三人也在此戰(zhàn)之后不知所蹤（有說是死于亂軍之中）。在之后的歲月里，不少反清志士紛紛打著“朱三太子”的旗號，以恢復(fù)皇明江山為名起事反清，這也就是困擾康熙帝數(shù)十年的“朱三太子案”的由來。

在康熙一朝，“朱三太子案”爆發(fā)了十次之多，但每次都在清廷的重壓之下而失敗。這其中比較有代表性的就是假稱“朱三太子”率眾起事的楊起隆。楊起隆，本為無業(yè)游民，但為人果敢，有謀略，康熙十二年（1673）十二月，吳三桂在云南發(fā)動叛亂，楊起隆充分利用了吳三桂叛亂的時機，組織起百姓和家奴，還假借朱三太子朱慈炯的名義高舉復(fù)明的旗幟，他們還約定好統(tǒng)一的服飾于夜間在京城四處舉火起事。楊起隆改年號“廣德”，在與部下黃吉、陳益以及其他三十余人在鼓樓開會時，被家主檢舉，清廷派兵包圍，楊起隆不得不提前兩天起事，但在清兵的圍攻中失敗。楊起隆的護駕指揮朱尚賢，閣老張大等數(shù)百人被活捉隨即被清廷磔死遇害。楊起隆棄眾奔逃陜西，在七年后被捕并被磔死。

然而“朱三太子案”卻遠沒有結(jié)束，康熙十六年，漳州人蔡寅打著“朱三太子”的旗號，率“白頭軍”數(shù)千人起事，旋敗死。康熙十八年（1678），陜西漢中、興安一帶有人自稱“朱三太子”起兵抗清，后被撫遠大將軍圖海擊敗并處死?？滴跞四辏?698年），江南金和尚擁立一個七十多歲的老頭為“朱三太子”，聚眾太湖，密謀在康熙南巡時將其劫持，關(guān)鍵時刻由于發(fā)炮不鳴，最后雙雙被捕伏誅?？滴跛氖迥辏?706年）浙東念一和尚等又以“朱三太子”名義打出反清復(fù)明的旗號起事，江蘇太倉州與浙江四明山幾乎同時暴動，最后在清廷的征討下全部敗死。

每次爆發(fā)以“朱三太子”為名號的起義，都會讓康熙感覺猶如芒刺在背；而每次只抓到偽“朱三太子”，卻讓康熙大失所望、寢食難安。這一系列“朱三太子案”的結(jié)束一直到康熙四十七年（1708年）四月，大明最后的一位皇子，時年七十五歲的崇禎帝第五子朱慈煥被清廷捕獲，在此之前他一直用著王士元的假名平靜的生活在浙江，康熙皇帝發(fā)下諭旨：“朱三即王士元，著凌遲處死。伊子……俱著立斬。”朱慈煥死了，“朱三太子”案似乎也終于塵埃落定了。