工欲善其事，必先利其器。對(duì)于復(fù)雜的基因組數(shù)據(jù)，用恰當(dāng)?shù)目梢暬ぞ咦龇治鍪潜夭豢缮俚摹幕蚪M測(cè)序誕生至今，各種工具、可視化方法也都在同步演進(jìn)，現(xiàn)在已經(jīng)像萬(wàn)花筒一樣斑斕。選對(duì)了工具，那么檢驗(yàn)假設(shè)、發(fā)現(xiàn)新東西就是小菜一碟。

下面就從三個(gè)研究層面來(lái)推薦幾個(gè)常用工具。

基因組瀏覽器

首先咱們要了解待研究的對(duì)象，即核酸序列和其中的各種結(jié)構(gòu)單元。基因組瀏覽器，就是用來(lái)瀏覽基因組數(shù)據(jù)的圖形交互界面。它們免費(fèi)向公眾開(kāi)放，并提供各種工具用于基因組數(shù)據(jù)檢索、閱覽、分析，以簡(jiǎn)潔緊致的圖形方式呈現(xiàn)。

它們會(huì)詳細(xì)展現(xiàn)已知基因的位置，以及每個(gè)基因的功能類別。還整合了各種基因組數(shù)據(jù)，可查到SNP、EST和保守序列模式的詳細(xì)情況。

你也可以上傳自己的研究數(shù)據(jù)（如序列和注釋）與別人共享。

UCSC Genome Browser

地址：https://genome./

Ensembl

地址：http://asia./index.html

序列比對(duì)

在了解單個(gè)基因或基因組信息的基礎(chǔ)上，我們就會(huì)想要往橫向看看。序列比對(duì)就是一種常用的橫向研究方法，包括核酸序列和蛋白質(zhì)序列的比對(duì)，通過(guò)檢測(cè)兩個(gè)或以上序列的相似性，推測(cè)其功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化信息

NCBI BLAST

地址：https://blast.ncbi.nlm./Blast.cgi

雖然沒(méi)什么美感，但是報(bào)告詳細(xì)啊

TOPALi

地址：http://www./

比較基因組學(xué)

比較基因組學(xué)與序列比對(duì)有重合之處，但更為復(fù)雜，諸如探索基因組的各個(gè)區(qū)域、確定直系同源體和旁系同源體、分析SNP和CNV等等。于是也就有多種工具應(yīng)運(yùn)而生，能直觀地展示分析結(jié)果，表現(xiàn)形式也多種多樣。

Circos

地址：http:///

多層次展示信息的圈圖，但此法也有相應(yīng)的R包可選

VISTA

地址：http://genome./vista/index.shtml

多種工具適應(yīng)多種研究需要 

參考來(lái)源：

http:///32055/genomics-software-sequence-comparisons/