1999年以馬云為首的18人在馬云位于杭州市的公寓內(nèi)創(chuàng)立阿里巴巴集團；集團的首個網(wǎng)站是英文全球批發(fā)貿(mào)易市場阿里巴巴，阿里巴巴集團推出專注于國內(nèi)批發(fā)貿(mào)易的中國交易市場（現(xiàn)稱“1688”）

1999年10月，在馬云的積極奔走之下，阿里巴巴集團從數(shù)家投資機構(gòu)融資第一筆投資500萬美元。2000年1月，距離第一筆融資3個月后，阿里巴巴集團從軟銀等數(shù)家投資機構(gòu)融資2,000萬美元

2000年9月，阿里巴巴集團舉辦首屆西湖論劍，馬云、王志東、丁磊、張朝陽、王峻濤為代表的互聯(lián)網(wǎng)精英討論業(yè)界重要議題，馬云甚至把金庸邀請過來當嘉賓。當天，馬云穿的是短袖的白襯衫；丁磊穿著一件牛仔襯衫，還是沒穿襪子；張朝陽照例穿他的搜狐廣告衫，可能想為搜狐再增加些眼球的注意力；王峻濤剛下飛機就買了兩條綢緞對襟衫，明里為金大俠拜壽，實際上想“騙取”金大俠的簽名。

2001年，成立第三年時，阿里巴巴確定了自己的使命和價值觀，年底注冊用戶數(shù)量超過100萬。2002年12月，成立第四個年頭時，阿里巴巴實現(xiàn)了正向現(xiàn)金流，公司跨越了第一個財務(wù)里程碑。

2003年，非典爆發(fā)了，阿里巴巴集團于非典型性肺炎爆發(fā)、所有員工接受隔離期間照常運作，馬云帶領(lǐng)阿里員工日夜奮戰(zhàn)，在自己的公寓中創(chuàng)立了淘寶網(wǎng)，結(jié)果由此一炮走紅，非典成就了阿里巴巴第一塊基石。

2004年7月，淘寶網(wǎng)發(fā)布讓買家與賣家進行即時文字、語音及視頻溝通的PC版通訊軟件阿里旺旺。這一年的12月，現(xiàn)時為阿里巴巴集團關(guān)聯(lián)公司的第三方網(wǎng)上支付平臺支付寶推出。

快速發(fā)展的阿里巴巴成為資本市場的寵兒。2005年8月，阿里巴巴集團與雅虎達成戰(zhàn)略合作，雅虎以10億美元加上雅虎中國的全部資產(chǎn)兌換阿里巴巴集團39%普通股(完全攤薄),并獲得35%投票權(quán)，交易完成后，雅虎也成為阿里巴巴集團最大的股東，并獲得其董事會四個席位中的一席。同時持有雅虎和阿里巴巴股份的軟銀，被認為是這場交易中最大的受益者。2005年10月，阿里巴巴接管了雅虎中國。

2007年11月6日，主營B2B業(yè)務(wù)的阿里巴巴網(wǎng)絡(luò)有限公司在香港聯(lián)交所主板掛牌上市，開盤價30港元，比發(fā)行價高出122.2%。以此計算，市值達到1515.7億港元。馬云在接受采訪時表示，“至今只會收發(fā)電子郵件和上網(wǎng)找信息，就連使用DVD都有困難，更從未在網(wǎng)絡(luò)上買過一樣?xùn)|西，阿里巴巴能到今天的地步，全靠1份堅持和運氣。阿里巴巴能在內(nèi)陸市場寫下好成績，是因為內(nèi)陸IT環(huán)境不成熟，包括IT人才亦有所欠缺，中小企業(yè)無法打造自有的網(wǎng)絡(luò)環(huán)境，給阿里巴巴的發(fā)展提供了機會?！?/p>