我就是擴(kuò)增子的功能擔(dān)當(dāng)—— PICRUSt分析，在擴(kuò)增子的主業(yè)里能夠告訴你菌群有什么，而我能夠告訴你這些菌群都在干什么，PICRUSt軟件就是幫助我實(shí)現(xiàn)這一功能的利器（復(fù)制該鏈接用瀏覽器查看http://picrust./picrust/tutorials/algorithm_description.html），它主要是一種根據(jù)marker基因進(jìn)行元基因組功能預(yù)測的生物信息軟件包，可以利用16s的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行基于KEGG數(shù)據(jù)庫的功能預(yù)測，并且由于我性價比超級無敵高，對于經(jīng)費(fèi)預(yù)算緊張但是還想獲得宏基因組般待遇的課題組無疑是個福音。那我到底能給您些什么呢？別急，這就來了：

首先，基于16s測序的數(shù)據(jù)獲得KEGG數(shù)據(jù)庫3個層級的原始注釋表，緊接著是與其相對應(yīng)的絕對豐度表和相對豐度表，讓您在整體上對樣品的功能有所了解。圖1展示的就是在KEGG數(shù)據(jù)庫預(yù)測結(jié)果的統(tǒng)計(jì)圖，橫坐標(biāo)表示的是預(yù)測基因的數(shù)目，縱坐標(biāo)表示的是預(yù)測得到的KEGG Level1（第一層級）和Level2（第二層級）的描述，直觀展現(xiàn)樣品在不同功能類別中的注釋情況。

圖1

圖2是基于KO的多樣品韋恩圖，從圖中能夠看出不同樣品之間KO共有和特有的情況，以此來解釋不同樣品之間的功能差異。

圖2

圖3是預(yù)測到的KEGG功能Level1層級的相對豐度柱形圖，這樣能夠直觀查看每個樣品在不同的功能上的相對豐度，第2、3層級的排名前十的功能相對豐度柱形圖也是有的哦，在這就不一一列舉啦。

圖3

圖4是功能豐度聚類分析的熱圖，主要是依據(jù)那些排名前35的功能以及他們在每個樣品中的豐度信息繪制而來，并且從功能差異和樣品層面進(jìn)行聚類?？v向?yàn)闃悠沸畔?，橫向是注釋到的功能信息，左側(cè)聚類樹為功能的聚類樹，上方的聚類樹為樣品間的聚類樹，顏色偏紅色代表某一功能在某一個樣品中的含量越高，越偏藍(lán)色代表含量越低。

圖4

圖5是不同樣品間功能的PCA的分析，圖中不同的點(diǎn)代表不同的樣品，相同顏色代表同一個分組，它們距離越近，代表他們的功能組成越相似。

圖5

此外，我還可以對不同樣品間的代謝通路進(jìn)行比較分析，這部分主要是通過IPATH軟件實(shí)現(xiàn)的，它目前可以提供3種不同通路的概括圖，包括代謝通路、調(diào)控通路以及生物合成和次生代謝通路。通過對不同樣品的代謝途徑進(jìn)行比較與分析，找出他們的共性和特性，特別是對它特殊代謝途徑的分析，能夠?yàn)檫M(jìn)一步深入研究和利用樣品的功能提供理論依據(jù)。

一口氣說了這么多，如果您動心了，如果您也想以超高性價比對16s的數(shù)據(jù)進(jìn)行功能的預(yù)測分析，那就趕緊來諾禾致源找我吧！

微生物業(yè)務(wù)線  姚美玲丨文案

王   迪丨編輯