就在黃巢得意之時(shí)，將士們卻因?qū)X南水土不服，患病而死者十有三四，更兼將士們離開(kāi)中原已有兩年，都思鄉(xiāng)心切，部下們紛紛勸黃巢北還以圖大事，黃巢聽(tīng)從了部下的建議，整編軍隊(duì)，蓄勢(shì)待發(fā)。

黃巢在桂州（今廣西桂林）編制數(shù)千個(gè)大竹筏，一日趁著暴水，將士們乘竹筏沿湘江而下，不久就到達(dá)潭州（今湖南長(zhǎng)沙）城下，李系眼見(jiàn)數(shù)萬(wàn)起義軍鋪天蓋地而來(lái)，不敢出兵迎戰(zhàn)，只是固守潭州，黃巢下令急攻，一日而攻破之，李系逃往他地。起義軍于是號(hào)稱(chēng)五十萬(wàn)，趁勝進(jìn)軍江陵，王鐸大驚，便留其將劉漢宏駐守江陵，自己率軍避難襄陽(yáng)（今湖北襄陽(yáng)），揚(yáng)言要與山南東道節(jié)度使劉巨容會(huì)師。王鐸既然已經(jīng)棄城而走，劉漢宏也無(wú)心再守城了，劉漢宏在江陵大肆掠殺一通后，率領(lǐng)著自己的部下返回中原做了綠林好漢。

就在江陵城一片大亂之時(shí)，黃巢正在不緊不慢地向江陵進(jìn)發(fā)，過(guò)了十多天后才真正到達(dá)江陵，江陵得手后，黃巢又向北進(jìn)發(fā)襄陽(yáng)。

山南東道節(jié)度使劉巨容聞?dòng)嵑笈R危不亂，親自率軍會(huì)和曹全晸與五百沙陀兵屯兵荊門(mén)以拒敵。這位劉巨容可是當(dāng)年平定王郢之亂的功臣，面對(duì)起義軍，他自有對(duì)策。當(dāng)起義軍到達(dá)荊門(mén)之后，劉巨容讓五百沙陀兵首先出戰(zhàn)，沙陀兵當(dāng)年曾經(jīng)大敗起王仙芝，起義軍對(duì)沙陀兵還有些膽怯，但今天一經(jīng)交戰(zhàn)，沙陀兵就潰敗而走，黃巢不禁大喜，第二天再戰(zhàn)之時(shí)，黃巢揮兵直沖向劉巨容的軍營(yíng)，沒(méi)想到途徑一片樹(shù)林時(shí)，埋伏在其中的唐軍突然出擊，起義軍被打得措手不及，被追擊的唐軍這時(shí)也反過(guò)頭來(lái)，奮勇殺敵，沙陀兵更是神威再現(xiàn)，以一當(dāng)十，起義軍于是大敗，十幾位大將被生擒，隨后劉巨容派軍追擊，每戰(zhàn)必捷，到了江陵的時(shí)候，黃巢已經(jīng)損失了十之七八的軍隊(duì)，黃巢因此大懼，渡長(zhǎng)江而東逃。

荊門(mén)一戰(zhàn)，劉巨容先是讓沙陀兵佯敗，以驕敵心，然后埋伏好軍隊(duì)，對(duì)冒進(jìn)的起義軍突然出擊，因此大敗起義軍。這時(shí)，部將們紛紛勸劉巨容趁勝追擊起義軍，沒(méi)想到劉巨容答道：“朝廷習(xí)慣辜負(fù)有功之臣，有了危難不吝嗇獎(jiǎng)賞，事情平定后卻又輕易給功臣判罪，咱們還不如留著賊寇作為自己的后福呢！”

劉巨容見(jiàn)好就收，曹全晸卻馬不停蹄地渡江去追黃巢了，正在這時(shí)，朝廷下詔讓段彥謨代替曹全晸之職，曹全晸在一聲嘆息中率軍而歸。

大難不死的黃巢終于有了整合軍隊(duì)的機(jī)會(huì)，隨后攻克鄂州（今湖北鄂州）作為軍隊(duì)修養(yǎng)之地。但荊門(mén)之戰(zhàn)的陰影還在，黃巢擔(dān)憂(yōu)劉巨容隨時(shí)會(huì)出擊，于是在鄂州休息之后，轉(zhuǎn)戰(zhàn)江西，再次攻克饒州、信州等地，接著進(jìn)攻浙江，攻克杭州，擁有了二十萬(wàn)之多的軍隊(duì)。起義軍接下來(lái)在攻打臨安（今浙江臨安）之時(shí)，不料為董昌所敗，黃巢于是再次返回饒州，在江西修養(yǎng)軍隊(duì)，待時(shí)再戰(zhàn)。

廣明元年（880年），調(diào)任淮南節(jié)度使的高駢又派出大將張潾等人渡江作戰(zhàn)，數(shù)次擊敗黃巢。朝廷鑒于高駢屢次戰(zhàn)勝起義軍，更兼有當(dāng)朝宰相盧攜提拔，朝廷便再次授予高駢諸道行營(yíng)都統(tǒng)之職，令其統(tǒng)帥各路軍馬剿滅黃巢，中原各路大軍因此源源不斷地涌向淮南和江西。

老克星張潾現(xiàn)在統(tǒng)帥著更多地軍隊(duì)攻向黃巢，一舉攻克饒州，黃巢不得不退保信州，屋漏偏逢連夜雨，信州此時(shí)又爆發(fā)了瘟疫，士卒死者不計(jì)其數(shù)，張潾緊追不舍，黃巢在一片絕望聲中想出一計(jì)。

一日，黃巢秘密派人馳往張潾大營(yíng)，拿出數(shù)萬(wàn)兩黃金賄賂張潾，請(qǐng)求向高駢投降，并保證以后聽(tīng)從高駢指揮。張潾將這些話(huà)傳給高駢，高駢聞言大喜，立即許諾黃巢為他向朝廷求官。既然黃巢已經(jīng)保證會(huì)歸順高駢，高駢便擔(dān)心中原的各路軍隊(duì)會(huì)分了他的功勞，便上奏朝廷說(shuō)黃巢不日就會(huì)平定，不用勞煩中原的各路人馬了，請(qǐng)求他們各歸其地，朝廷對(duì)高駢還頗為信任，便采納了高駢的意見(jiàn)。

黃巢此后假意與高駢來(lái)往不絕，商討投降事宜，當(dāng)探知中原的軍隊(duì)果真撤回后，便馬上與高駢告絕，并攻破張潾大營(yíng)，張潾兵敗而死，黃巢又趁勢(shì)攻克睦州（今浙江建德）、婺州（今浙江金華）和宣州（今安徽宣城），聲勢(shì)復(fù)振。黃巢于是號(hào)稱(chēng)十五萬(wàn)，渡過(guò)采石（今安徽牛渚），侵犯揚(yáng)州（今江蘇揚(yáng)州）。

高駢眼見(jiàn)愛(ài)將戰(zhàn)死，諸道軍隊(duì)也已散，自度不能戰(zhàn)勝黃巢，便命令手下將領(lǐng)嚴(yán)防黃巢，不得主動(dòng)出戰(zhàn)，只求自保。當(dāng)初朝廷對(duì)高駢寄予厚望，而今見(jiàn)高駢畏怯避戰(zhàn)，斥責(zé)不已，高駢見(jiàn)狀，干脆自稱(chēng)得了風(fēng)痹，從此不再過(guò)問(wèn)軍政。

朝廷在對(duì)高駢避戰(zhàn)無(wú)奈的同時(shí)，朝廷內(nèi)部對(duì)于如何應(yīng)對(duì)黃巢也發(fā)生了爭(zhēng)論，宰相豆盧瑑的計(jì)策是假意授予黃巢天平節(jié)度使的職位，使黃巢不能再往西進(jìn)軍，然后調(diào)兵圍剿黃巢，而盧攜則以為不如調(diào)集大軍駐守淮河，使黃巢不能過(guò)河騷擾中原，黃巢只能再返回東南徘徊，大軍那時(shí)再?lài)艘膊贿t。朝廷最后采取了盧攜的意見(jiàn)，馬上調(diào)集各路軍馬會(huì)集于溵水，決意嚴(yán)防黃巢渡過(guò)淮河，使中原不再有兵革之禍。

老對(duì)手曹全晸達(dá)到戰(zhàn)場(chǎng)后，率領(lǐng)六千唐軍與黃巢展開(kāi)激戰(zhàn)，頗有戰(zhàn)果，但終因寡不敵眾而退守泗州（今江蘇泗縣）等待援軍的到來(lái)，但高駢的援軍始終不到，曹全晸最后大敗而走。

與此同時(shí)，徐州三千士卒路過(guò)許昌時(shí)，因不滿(mǎn)忠武軍節(jié)度使薛能的接待而發(fā)生變亂，忠武軍部將周岌聞?dòng)嵑笞詼匏祷?，襲殺三千士卒，隨后又逐殺節(jié)度使薛能，自稱(chēng)留后，占據(jù)忠武鎮(zhèn)。忠武軍之亂傳開(kāi)后，諸道之兵都擔(dān)心周岌的行為會(huì)波及自己的軍隊(duì)，都紛紛撤軍歸鎮(zhèn)。溵水之兵于是不戰(zhàn)而散。

黃巢不費(fèi)吹灰之力渡過(guò)淮河，對(duì)將士下令不得剽掠百姓，所到之處秋毫無(wú)犯，擴(kuò)充兵馬時(shí)也只招用那些精壯之士，黃巢的軍隊(duì)和戰(zhàn)斗力因此成倍增加。

黃巢隨后接連攻克申州（今河南信陽(yáng)）、宋州（今河南商丘）、徐州（今江蘇徐州）、兗州（今山東兗州）等地，所到之處，官吏都聞風(fēng)而逃，黃巢于是輕而易舉占據(jù)中原廣大地區(qū)，號(hào)稱(chēng)六十萬(wàn)，向洛陽(yáng)進(jìn)發(fā)。