隋朝末年，諸侯割據(jù)，天下大亂。隋朝叛將王世充擁兵洛陽充當霸主，與秦王李世民隔黃河相拒，各占一方。為防御李世民，王世充的侄子、大將軍王仁則強抓民夫，在黃河邊修筑河防工事。神腿張不滿王仁則的殘暴，奮起反抗，被王仁則殺死。神腿張的兒子小虎在鄉(xiāng)親們的幫助下跳河逃跑，后被少林寺收留。

小虎對少林寺武僧們的高超武藝欽佩不已，盼著學(xué)好武藝報仇雪恨。覺遠偷看武僧練功時，被師父的女兒、牧羊姑娘無瑕的狗發(fā)現(xiàn)狂吠起來。覺遠一氣之下，將狗誘捕，卻不慎將狗悶死，并和師父、師兄們把狗烤熟吃了。無瑕發(fā)現(xiàn)是小虎弄死了自己的狗，怒不可遏，痛打小虎，直至父親趕來制止方才罷休。小虎在少林寺出家，賜名“覺遠”。但他入寺三個多月，師父只讓他練習(xí)基本功，卻不教他武藝。覺遠一心要殺王仁則，在與師兄悟空對練時，竟把師兄當成仇敵，差點誤傷師兄。僧值發(fā)現(xiàn)罰覺遠面壁三天，不許練武，這讓覺遠非常生氣。覺遠再也不能忍受少林寺的清規(guī)戒律和不能報仇的折磨，脫下袈裟出走。無瑕放羊時，被王仁則的手下?lián)镒?。當王仁則正要非禮無瑕時，來報仇的覺遠趕來，救出無瑕，并與無瑕聯(lián)手打退王仁則，逃出王府。覺遠雖然有些功夫，但與王仁則交手則不是對手，搏斗中被王仁則刺傷。無瑕勸他重新回到少林寺繼續(xù)練武，等待時機報仇。覺遠重歸少林寺，在師父教導(dǎo)下，苦練少林功夫，長進很快。

李世民過黃河偵察敵情，遭到王仁則部下追捕。覺遠和無瑕掩護李世民擺脫追捕，又化裝成新婚夫婦送李世民渡黃河。就在李世民要上船時，追兵突然出現(xiàn)，李世民中箭負傷。覺遠讓無瑕馬上送李世民過河，自己操刀單槍匹馬殺向敵群。危急時刻，師父帶領(lǐng)眾武僧趕來，殺退敵兵，掩護李世民安全渡過黃河。為了保護覺遠，師父令覺遠立刻逃走，再也不許回少林寺。但覺遠不忍心讓師父替自己受過，連累少林，毅然返回少林。師父令徒弟們架起覺遠，強行逐出。

王仁則帶領(lǐng)另一部人馬沖進少林寺，搜捕李世民未果，便逼方丈三天內(nèi)交出覺遠和李世民，否則就血洗少林寺。王仁則返回大營后，在黃河邊漏網(wǎng)的敵將跑來報告：一干人馬追李世民到黃河邊，悉數(shù)被少林和尚覺遠所殺，李世民渡河逃走。王仁則大怒，當即帶領(lǐng)人馬殺回少林寺。王仁逼方丈交出覺遠，遭到方丈拒絕，王仁則下令燒死方丈，大開殺戒，殺死諸多僧人。師父和眾武僧忍無可忍，出手反抗，與王仁則兵馬廝殺起來。王仁則見武僧們功夫非同一般，自己也被覺遠的師父打得無還手之力，遂下令放箭，師父身中數(shù)箭身負重傷。覺遠又返回少林寺保護師父和少林寺。就在少林寺極其危急時刻，李世民率部渡過黃河，殺入洛陽，王仁則聞訊慌忙撤退。覺遠和師兄們趁勢發(fā)起反擊，一直追到黃河邊，將王仁則兵馬殺得人仰馬翻。覺遠后血刃王仁則，為父報仇。

為繼承師父“匡扶正義，保衛(wèi)少林”的遺愿，覺遠放下塵心，在少林寺剃度出家。真心愛著覺遠的無瑕，見覺遠雖然對她一往情深，但最終還是選擇出家，無奈傷心地離去。幾年后，登上皇位的唐太宗李世民來到少林寺。感念少林武僧當年救助之功，撥款賜地，并準許少林寺豢養(yǎng)僧兵護寺。念僧人生活清苦，特許免除少林僧人酒肉之戒。自此酒肉之戒不入少林寺戒條。從此，少林寺香火旺盛，武功之強更是名滿天下。

        小虎逃進少林，僧值（閻滌華飾）不愿收留，方丈（張建文飾）慈悲為懷，收留了小虎。

         僧人們救助奄奄一息的小虎（李連杰飾）。

             僧人們假裝練蛤蟆功，為小虎捉拿青蛙，滋補身體。

            師父（于海飾）像父親一樣照顧虛弱不堪的小虎。

         少林寺僧人們處處都在練功，連打水也不例外。

          小虎對僧人們的武功佩服得五體投地。

          小虎不慎弄死了無瑕的狗，師兄們想吃狗肉又怕犯戒時，師父說：酒肉穿腸過，佛祖心中留！

         牧羊姑娘無瑕（丁嵐飾）知道是小虎弄死了自己的狗后，怒不可遏，痛打小虎。

         僧值見小虎面帶殺氣，不愿納他為僧。方丈則堅持收下小虎。

        小虎剃度出家，法名“覺遠”。

         覺遠離開少林寺，自己去找王仁則報仇。

          禿鷹（計春華飾）告訴王仁則（于承惠飾）：我給大將軍弄來一個野味的小妞。王仁則喜出望外。

         覺遠雖救出了無瑕，但卻未能殺了王仁則。無瑕勸他還是回少林寺，練好武功再報仇。

        覺遠練武非?？炭?，長進很快。

        覺遠和無瑕掩護李世民（王光權(quán)飾）擺脫王仁部的追捕后，再想辦法送他過黃河。

          李世民三人化裝混過關(guān)卡。

       覺遠讓無瑕擺渡送李世民渡河，自己闖入敵群廝殺，掩護李世民。

        師父帶著武僧們趕來，幫助覺遠阻擊王仁則部眾。

      武僧們與敵兵頑強搏斗。

       為保護覺遠，師父將他逐出少林寺，讓他遠走高飛。

        王仁則帶領(lǐng)另一路人馬闖進少林寺，令方丈三日內(nèi)交出李世民和覺遠。

       王仁則血洗少林寺，方丈被活活燒死。

        激戰(zhàn)中，師父中箭犧牲，覺遠和師兄們悲痛欲絕。

       李世民攻陷洛陽，覺遠親手殺了王仁則后，為繼承師父“匡扶正義，保衛(wèi)少林”的遺愿，真心剃度出家。

      唐太宗李世民來到少林寺，感念其功，賞賜眾僧，并準許豢養(yǎng)僧兵，保護寺院。

      少林寺因十三棍僧救秦王李世民和武功蓋世名滿天下。