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主要序列數據庫 DDBJ序列數據庫 http://www.ddbj. 所有已知的核酸和蛋白質序列數據庫，國際核酸序列數據庫合作項目 EMBL序列數據庫 http://www./embl.html 所有已知的核酸和蛋白質序列數據庫，國際核酸序列數據庫合作項目 GenBank序列數據庫 http://www.ncbi.nlm. 所有已知的核酸和蛋白質序列數據庫，國際核酸序列數據庫合作項目 STACK http://www./Dbases.html 非冗余的基因簇 TIGR基因索引 http://www./tdb/index.shtml 非冗余的基因簇 UniGene http://www.ncbi.nlm./UniGene/ 非冗余的基因簇 比較基因組學(comparative genomics) COG數據庫 http://www.ncbi.nlm./COG/ 基于43個已完成基因組測序的微生物的蛋白質的進化分析的同源基因蔟 XREFdb http://www.ncbi.nlm./XREFdb/ 模式生物(model organism)遺傳學和哺乳類表型之間的交叉索引 ASDB http://Cbcg./asdb 具有不同剪接形式基因的蛋白質產物和表達模式 基因表達 Axeldb http://www./abt0135/axeldb.htm 爪蟾的基因表達 BodyMap http://Bodymap.ims. 人和小鼠基因表達數據 EpoDB http://www.cbil./EpoDB/ 脊椎動物(vertebrates)紅細胞基因表達 FlyView http://Pbio07. 果蠅的發(fā)育和遺傳 GXD基因表達數據庫 http://www.informatics./mgihome/GXD/aboutGXD.shtml 小鼠的基因表達和遺傳 腎臟發(fā)育數據庫(KDD) http://golgi.ana./kidhome.html 腎臟發(fā)育和基因表達 MAGEST http://www.genome./magest/welcome.html 海鞘基因表達模式 MethDB http://www. DNA甲基化數據、模式和輪廓 小鼠基因表達數據庫(MAGED) http://Genex.hgu. 與組織相關的基因表達數據 PEDB http://www./ 正常和異常的前列腺基因表達 RECODE http://Recode.genetics. 表達過程中采用程序化翻譯編碼的基因 斯坦福微陣列數據庫(SMD) [url=http://genome-www./microarray]http://Genome-www.Stanford.edu/microarray[/url] 來自微陣列實驗的原始和均一化了的數據 TRIPLES http://Ygac.med./triples/triples.htm 酵母中轉座子—插入表型、定位和表達 牙齒發(fā)育數據庫(TDD) http://Bite-it.Helsinki.fi 牙組織發(fā)育中的基因表達 基因特征和結構 AllGenes http://www. 人和小鼠基因索引、整合基因、轉錄和蛋白注釋 Ares Lab Intron Site http://www.cse./research/compbio/yeast_introns.html 酵母剪接體和內含子 COMPEL http://compel.bionet./ 復合調控元件（Composite regulatory elements） CUTG http://www.kazusa./codon/ 遺傳密碼使用表 DBTBS http://dbtbs./ 枯草桿菌反式作用因子和啟動子 EID http://mcb./gilbert/EID/ 內含子、外顯子數據庫 EPD http://www.epd./ 通過實驗獲得的真核生物POL II啟動子非冗余數據庫 ExInt http://intron.bic./exint/exint.html 真核生物外顯子和內含子結構 HUNT http://www./HUNT 注釋了的人類全長cDNA序列 IDB/IEdb http://nutmeg.bio./intron/index.html 內含子序列和進化 PLACE http://www.dna.affrc./htdocs/PLACE 植物順式調控元件 遺傳學和物理圖譜 名稱 地址 說明 DRESH http://www./LOCAL/drosophila/dros.html 果蠅突變基因同源的人cDNA克隆 G3-RH http://www-shgc./RH/ 斯坦福G3和TNG輻射雜交圖譜 GB4-RH http://www.Sanger.ac.uk/Software/RHserver/RHserver.shtml 人輻射雜交圖譜Genebridge4 (GB4) GDB http://www./ 人類基因和基因組圖譜 GenAtlas http://www.dsi./genatlas/ 人類基因、標記和表型 GenMapdb http://genomics.med./genmapdb 已經定位的人BAC克隆 GenMap’99 http://www.ncbi.nlm./genemap/ 國際輻射圖譜合作項目下的人類基因圖譜 HugeMap http://www./services/Hugemap 人類基因組遺傳和物理圖譜數據 IXDB http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem./ 人類x染色體物理圖譜 RHdb http://www./RHdb 輻射雜交圖譜數據基因組數據庫 名稱 地址 說明 AceDB http://www./Software/Acedb/ 線蟲(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因組信息 AmmtDB http://bighost.area.ba./mitochondriome/ 寄生蟲(Metazoan)線粒體DNA序列 ArkDB http://www./sites.html 農業(yè)相關和其他動物的基因組數據庫 綜合的微生物資源(CMR) http://www./tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成測序的微生物基因組 CropNet http:/// 農作物基因組圖譜 CyanoBase http://www.kazusa./cyano/ Synechocystis sp.基因組 EMGlib http://pbil./emglib/emglib.html 已完成基因組測序的細菌、古細菌、酵母 EcoGene http://bmb.med./EcoGene/EcoWeb/ 大腸桿菌(Escherichia coli)(E.coli)K-12的序列 FlyBase http://www./ 果蠅基因序列和基因組信息 Full-Malaria http://fullmal.ims./ 紅細胞期惡性瘧原蟲的全長cDNA文庫 GOBASE http://megasun.bch./gobase/gobase.html 細胞器基因組數據庫 GOLD http://igweb./GOLD/ 已完成和正在進行測序項目的信息 HIV序列數據庫 http://hiv-web./ HIV的RNA序列 Human BAC Ends Database http://www./tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.html 非冗余的人類BAC末端序列 ICB http://www./icb 采用蛋白編碼進行細菌的分類和鑒定 INE http://rgp.dna.affrc./giot/INE.html 水稻(Rice)的遺傳學、物理圖譜和序列數據 MITOMAP http://www./ 人類線粒體基因組 MITOP http://mips./proj/medgen/mitop/ 線粒體蛋白、基因和疾病 苜蓿屬基因組數據庫(MGI) http://www./medicago/ 模式苜蓿屬莢果(1egumeMedicago)的ESTs、基因表達和蛋白質組數據 Mendel數據庫 http://www./ 利用基因家族信息注釋的植物EST和STS序列數據庫 MitoDat http://www-lecb./mitoDat/ 線粒體蛋白(以人類為主) 小鼠基因組數據庫(MGD) http://www.informatics./ 小鼠遺傳學和基因組 慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS) http://www.mips.biochem./ 蛋白質和基因組序列 NRSub http://pbil./nrsub/nrsub.html 枯草芽胞桿菌(Bacillus subtilis)基因組 PlasmoDB http:/// 瘧原蟲屬(Plasmodium)基因組 酵母基因組數據庫(SGD) [url=http://genome-www./Saccharomyces]http://genome-www./Saccharomyces[/url] 釀酒酵母基因組 TIGR微生物數據庫 http://www./tdb/mdb/mdbcomplete.html 微生物基因組和染色體 擬南芥(Arabidopsis thaliana)信息資源(TAIR) http://www./ 擬南芥(Arabidopsis thaliana)基因組 ZFIN http://www./ 斑馬魚遺傳學、基因組和發(fā)育數據 ZmDB http://zmdb./ 玉米基因組數據庫 分子間相互作用 名稱 地址 說明 生物分子交互作用網絡數據庫(BIND) http:/// 分子間相互作用、復合物和通路 DIP http://dip.doe-mbi./ 蛋白質之間相互作用目錄 DPInteract http://arep.med./dpinteract/ 大腸桿菌(Escherichia coli)DNA結合蛋白的結合位點 核糖體交叉鏈接數據庫(DRC) http://www.mpimg-berlin-dahlem./~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ 名稱 地址 說明 ENZYME http://www./enzyme/ 酶命名 EcoCyc http:///ecocyc/ 大腸桿菌(Escherichia coli)(K-12)基因組、基因產物和代謝通路 EpoDB http://www.cbil./EpoDB/ 人紅細胞生成過程中的基因表達 京都基因和基因組百科全書(KEGG) http://www.genome./kegg/ 代謝和調節(jié)通路 LIGAND http://www.genome./dbget/ligand.html 酶的配體、底物和反應 RegulonDB http://kinich.cifn.:8850/db/regulondb_intro.frameset 大腸桿菌(Escherichia coli)轉錄調節(jié)和操縱子結構 UM-BBD http://www.labmed./umbbd/ 微生物生物催化反應和生物降解通路 WIT2 http://wit.mcs./WIT2/ 功能治療和代謝模型發(fā)育的集成系統 突變數據庫 名稱 地址 說明 ALFRED http://alfred.med./alfred/index.asp 等位基因頻率和DNA多態(tài)性 雄激素受體基因的突變(ARGMD) 哮喘基因數據庫(AGD) http://www./androgendb/ 雄激素受體基因的突變 哮喘和變態(tài)反應數據庫 http://cooke./asthmagen/main.cfm 哮喘和變態(tài)反應中的連鎖和突變研究 腫瘤學和血液學中的遺傳學和細胞傳學信息庫 http://www./services/chromcancer/ 癌癥(cancer)中染色體異常 BTKbase http://www./laitokset/imt/bioinfo/BTKbase/ X-連鎖血丙種球蛋白缺乏中的突變 CASRDB http://www.casrdb./ 引起FHH，NSHPT和ADH的CASR突變 GRAP突變數據庫 http://tinygrap./GRAP/ G蛋白偶聯受體的突變(GRAP) HGBASE http://hgbase./ 基因內部序列多態(tài)性 HIV-RT http://hivdb./hiv/ HIV反轉錄酶和蛋白酶序列變異 嗜血菌B突變數據庫 http://www./ip/petergreen/haemBdatabase.html Factor IX基因中的點突變、短插入和短缺失 人類基因突變數據庫 (HGMD) http://archive./uwcm/mg/hgmd0.html 已知發(fā)表的人類遺傳性疾病的基因損傷 人類PAX2等位基因變異數據庫 http://pax2.hgu./ 人類PAX2基因突變 人類PAX6等位基因變異數據庫 http://pax6.hgu./ 人類PAX6基因突變 人類I型和III型膠原基因突變數據庫 http://www./genetics/collagen/ 人類I型和Ⅲ型膠原基因突變 HvrBase http://www./ 靈長類線粒體DNA控制區(qū)域序列 KMDB http://www.knowledge./KMDB/ 人類眼睛疾病基因的突變 KinMutBase http://www./imt/bioinfo/KinMutBase/ 致病的蛋白激酶突變 Mutation Spectra Database http://info.med./mutbase/ 病毒、細菌、酵母和哺乳類基因的突變 NCL Mutations http://www./ncl/ 神經元蠟樣質脂褐質沉積癥基因突變和多態(tài)性 在線式人類孟德爾遺傳數據庫(OMIM) http://www.ncbi.nlm./Omim/ 人類遺傳學和基因組紊亂目錄 PAHdb http://www.pahdb./ 苯丙氨酸羥化酶基因突變 PHEXdb http://da 導致X-連鎖低磷酸血癥的PHEX基因突變 PMD http://www.phexdb. 蛋白質突變數據集 PTCH1突變數據庫 http://www./PTCH/ptchbase.html PTCHl中的突變和SNP RB1基因突變數據庫 http://www./Rb/ 人類視網膜母細胞瘤基因(RB1)的突變 dbSNP http://www.ncbi.nlm./SNP/ 單核苷酸多態(tài)性 iARC p53數據庫 http://www./p53/ 文獻報告的人類p53基因錯義突變和小片段缺失 p53數據庫 http://metalab./dnam/mainpage.html 人類p53和hprt基因突變、嚙齒類轉基因lacI和lacZ突變 病理學 名稱 地址 說明 小鼠腫瘤生物學數據庫(MT http://tumor.informatics./ 小鼠腫瘤名稱、分類、發(fā)病串、病理學、遺傳因素 口腔癌基因數據庫(OCGD) http://www./Oral/oral.html 口腔癌相關基因的細胞、分子和生物學數據 PEDB http://chroma_mbt.washington.edu/PEDB/ 前列腺組織和細胞類型特異的cDNA文庫的序列 腫瘤基因家族數據庫(TGDBs) http://www./tgdf.html 多種癌癥(cancer)相關基因的細胞、分子和生物學數據 蛋白質數據庫 名稱 地址 說明 AARSDB http://rose.man./aars/index.html 氨酰tRNA合成酶序列 Da http://luggagefast./group/arabprotein/ 擬南芥(Arabidopsis thaliana)中注釋了的編碼序列 ESTHER http://www.ensam./cholinesterase/ 酯酶和α/β水解酶及相關分子 內源性GPCR列表 http://www./GPCR.html 細胞系中表達的G蛋白偶聯受體 GPCRDB http://www./7tm/ G蛋白偶聯受體 HIV分子免疫學數據庫 http://hiv-web./immunology/ HIV的抗原決定簇 HUGE http://www.kazusa./huge/ 較大的(50kDa)人類蛋白質和cDNA序列 組蛋白數據庫 http://genome.nhgri./histones/ 組蛋白、組蛋白折疊序列和結構 IMGT http://imgt.:8104/ 人類和其他脊椎動物(vertebrates)的免疫球蛋白、T細胞受體和MHC序列 IMGT/HLA http://www./imgt/hla/ 人類主要組織相容性復合體 InBase http://www./neb/inteins.html 插入蛋白質序列和基序(motif) LGICdb http://www./recherche/banques/LGIC/LGIC.html 配體門控離子通道(ion channel)亞基序列 MHCPEP http://wehih./mhcpep/ MHC結合肽 MetaFam http://metafam.ahc./ 集成的蛋白質家族信息 核受體資源 http://nrr./nrr/nrr.html 核受體超家族 PKR http://pkr./ 蛋白激酶序列、酶學、遺傳學、分子和結構特性 PPMdb http://sphinx.:8080/ppmdb/index.html 擬南芥(Arabidopsis thaliana)質膜蛋白序列和表達數據 Peptaibol http://www.cryst./peptaibol/welcome.html 抗生素(antibiotic)肽序列 PhosphoBase http://www.cbs./databases/PhosphoBase/ 蛋白質磷酸化位點 PlantsP http://plantsp./ 植物蛋白激酶和蛋白磷酸化 Prolysis http://delphi.phys./Prolysis/ 蛋白酶、天然和合成的蛋白酶抑制劑(protease inhibitor) 蛋白質信息資源(PIR) http://pir./ 綜合的、注釋的、非冗余的蛋白質序列數據庫 核糖核酸酶P數據庫 http://www.mbio./RNaseP/home.html RNaseP序列、對齊和結構 SWISS-PROT/TrEMBL http://www./sprot 蛋白質序列 TIGRFAMs http://www./TIGRFAMs 功能明確蛋白質家族的資源 TRANSFAC http://transfac./TRANSFAC/index.html 轉錄因子和結合位點 OoTFD http://www./ 轉錄因子和基因表達 TrEST、trGEN和Hits http://hits./ 預測的蛋白質序列 蛋白質序列Motif 名稱 地址 說明 BLOCKS http://blocks./ 蛋白質家族的序列保守區(qū)域 CluSTr http://www./clustr/ 將SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自動歸類 InterPro http://www./interpro/ 蛋白質家族、結構域和位點的集成信息資源 PIR-ALN http://www-nbrf./pirwww/dbinfo/piraln.html 蛋白質序列聯配 PRINTS http://www.bioinf./dbbrowser/PRINTS/ 分層的基因家族指紋 PROSITE http://www./prosite/ 具有生物學意義的蛋白模式和輪廓 ProtoMap http://protomap./ 對SWISS-PROT蛋白質進行自動分類 SBASE http://hydra.icgeb./~kristian/SBASE/ 注釋了的蛋白質結構域序列 SMART http://smart./ 結構域序列 SYSTERS http://systers.molgen./ 基于多種資源對蛋白質序列進行分類 Emotif http://motif./emotif 蛋白質序列模體查詢 Iproclass http://pir./iproclass/ 注釋了的蛋白質分類數據庫 蛋白質組資源 名稱 地址 說明 Aaindex http://www.genome./dbget/ 肽的物理化學屬性 Proteome Analysis Database http://www./proteome/ 應用interpro和clustr在線式進行全基因組中蛋白質的功能分類 SWISS-2DPAGE http://www./ch2d/ 注釋了的2D-PAGE數據庫 釀酒酵母蛋白質數據庫(YPD) http://www./databases/index.html 釀酒酵母蛋白質組數據庫 RNA序列 名稱 地址 說明 ARED http://rc./ 富含AU元件的mRNAs Collection of mRNA-like Noncoding RNAs http://biobases.ibch./ncRNA/ 非編碼蛋白的RNA轉錄 歐洲人小亞基核糖體RNA數據庫 http://rrna./ssu/index.html 利用二級結構信息對核糖體RNA小亞基序列進行聯配 HyPaLib http://bibiserv.techfak./HyPa/ RNA分類的結構元件特征 Intronerator http://www.cse./~kent/intronerator/ C．elegans的RNA剪接和基因結構；C．briggsae和C．elegans基因組聯配 RNA中非標準作用 http://prion.bchs./bp_type/ 已知RNA結構中非標準的堿基－堿基相互作用 RISSC http://ulises./RISSC 核糖體16S-23S RNA基因間隔區(qū)域 RNA修飾數據庫 http://medlib.med./RNAmods/ RNA中天然修飾的核苷 核糖體數據庫項目(RDP) http://rdp.cme./ rRNA序列，聯配和系統發(fā)生 SRPDB http://psyche./dbs/SRPDB/SRPDB.html 信號識別顆粒RNA、蛋白質和受體信息 小RNA數據庫 http://mbcr.bcm./smallRNA 原核生物和真核生物小RNA序列的直接測序數據 TmRNA網站 http://www./~tmrna TmRNA序列、折疊和聯配 tRNA序列 http://www./departments/biochemie/trna/ tRNA和tRNA的基因序列 tmRDB http://psyche./dbs/tmRDB/tmRDB.html tmRNA(10SaRNA)序列 結構 名稱 地址 說明 ASTRAL http://astral./ 已知結構、選擇亞群和序列——相關的結構域序列 BioMagResBank http://www.bmrb./ 蛋白質、肽和核酸的核磁共振數據 CE http://cl./ce.html 計算和觀察3維結構對齊 CKAAPsDB http://ckaaps./perl/browser.pl 序列不同而結構相似的蛋白質 CSD http://www.ccdc./prods/csd/csd.html 有機物和金屬有機物復合體的晶體結構信息 大分子運動數據庫 http://bioinfo.mbb./MolMovDB/ 蛋白質和大分子運動的描述 HIC-Up http://alpha2.bmc./hicup/ 小分子(異源復合物)的結構 HSSP http://www.sander./hssp/ 結構家族和對齊，結構保守區(qū)域和結構域骨架 IMB Jena生物大分子圖象庫 http://www./IMAGE.html 生物多聚物結構的三維觀察和分析 ISSD http://www.protein.bio./issd/ 集成的序列和結構信息 LPFC http://www-smi./projects/helix/LPFC/ 蛋白質家族和新結構數據庫 MMDB http://www.ncbi.nlm./Structure/ 所有經實驗確定了的三維結構 NTDB http://ntdb.chem./ 核酸的熱力學數據 PDB http://www./pdb/ 通過X射線晶體衍射和NMR測定的結構數據 PDBsum http://www.biochem./bsm/pdbsum PDB結構的總結和分析 ProTherm http://www.rtc.riken./jouhou/protherm/protherm.html 野生型和突變蛋白質的熱力學數據 RESID http://www-nbrf./pirwww/dbinfo/resid.html 蛋白質結構修飾 Sloop http://www-cryst.bioc./~sloop/ 蛋白質loop區(qū)域分類 轉基因 名稱 地址 說明 Cre轉基因數據庫 http://www.mshri./nagy/cre.htm 轉基因小鼠(Transgenic Mice)系 轉基因動物(Transgenic animals)和打靶突變數據庫 http://tbase./ 轉基因動物(Transgenic animals)和打靶突變的信息 其他生物醫(yī)學資源 名稱 地址 說明 Dbcat http://www./services/dbcat/ 數據庫分類 LocusLink/RefSeq http://www.ncbi.nlm./LocusLink/ 遺傳基因座的序列和描述信息 MPDB http://www.biotech.ist./interlab/mpdb.html 被證明有用的合成的寡核苷酸如引物或探針的信息 分子探針數據庫 http://srs./ 合成的寡核苷酸、探針和PCR引物的信息 NCBI分類瀏覽器 http://www.ncbi.nlm./Taxonomy/taxonomyhome.html 至少含有一條核苷酸或蛋白質序列的遺傳數據庫中所涉及到的物種名稱列表 PubMed http://www.ncbi.nlm./PubMed/ MEDLINE和Pre-MEDLINE文獻引用數據庫 |
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