在平定準(zhǔn)格爾戰(zhàn)爭還未完全落幕時，由于乾隆對南疆政策的失誤，使回部的白山派從新壯大起來，大小和卓迅速地就舉起了反叛清帝國的大旗。乾隆一方面急于在經(jīng)過長期艱苦的對準(zhǔn)格爾的戰(zhàn)爭后恢復(fù)秩序，一方面抱有對回部的輕視------畢竟就在不久以前，那個叛亂的大小和卓兄弟布拉尼敦和霍集占還是由于清軍的解救才被從拘禁下解救出來，于是命定邊將軍兆惠在無充分準(zhǔn)備的情況下，迅速進(jìn)軍霍集占所據(jù)守的葉爾羌，以期一戰(zhàn)而定天山南北。

       兆惠，滿洲正黃旗人，在乾隆期的準(zhǔn)格爾戰(zhàn)爭和大小金川等戰(zhàn)爭中，多次立下過戰(zhàn)功，因平定準(zhǔn)格爾戰(zhàn)爭中屠殺準(zhǔn)格爾人而被歷史學(xué)家視為兇殘的屠殺者，是乾隆期的重要的軍事將領(lǐng)。
  1758年七月，兆惠帥八旗精銳部隊京師銳健營到達(dá)南疆，和其余額魯特，八旗，綠營，索倫等軍駐防在伊犁等地。期間集結(jié)軍隊，收集物資，準(zhǔn)備進(jìn)軍葉爾羌。此時，乾隆給兆惠下了一份諭旨，嚴(yán)厲指責(zé)他“不愿前行，意圖觀望”。在受到皇帝的強大壓力下，兆惠匆匆?guī)ьI(lǐng)800人前往阿克蘇，在集結(jié)了4000軍隊以后，不待其余部隊和物資來臨，兆惠又倉促進(jìn)軍，開始了這次幾乎令他全軍覆滅的黑水之戰(zhàn)

   此次進(jìn)兵葉爾羌的清軍由4000人組成，其中的主力是跟隨兆惠從京師來到新疆的八旗銳健營，這是在第一次金川戰(zhàn)爭后組建的八旗的精銳部隊，也可以說是當(dāng)時八旗軍中甚至中國各軍隊中最為精銳的部隊，他們以火槍和弓箭為主要作戰(zhàn)武器，是一支輕裝的步騎混合部隊。除了銳健營，其余的部隊也都是參加過平準(zhǔn)戰(zhàn)爭的綠營，索倫呵其他八旗軍隊，總之是一支作戰(zhàn)經(jīng)驗豐富，意志堅強，不畏困苦的部隊。

   大和卓布拉尼敦住房在喀什葛兒，小和卓霍集占駐防在葉爾羌，互為支援。其中葉爾羌為南疆重鎮(zhèn)，城大人多，有12座城門?；艏嫉能婈犛?萬多人，騎兵眾多，也擁有很多的火槍，他割掉野外的莊稼，把人民集中在城中。堅清壁野，重兵以待清軍。

   1758年的十月份，在經(jīng)過1000多里的艱苦的戈壁行軍后，兆惠來到了葉爾羌附近。為了防止喀什葛兒的大和卓從 背后襲擊清軍，他令副都統(tǒng)愛隆啊分兵600人向西前行以扼守喀什葛兒方向。自帶3000多人直抵葉城。

   此刻的清軍，孤軍深入，人困馬乏。戰(zhàn)馬只剩1000多匹，由于匆促出兵，火槍所用的槍子和弓箭也攜帶不多，所幸的是糧食還有不少，足夠全軍兩個月的食用。清軍在稍事調(diào)整后，10月13日就向葉爾羌發(fā)動進(jìn)攻，開戰(zhàn)不久，就占領(lǐng)了城墻附近的土臺。和卓軍退入城中，憑借城墻，發(fā)火槍抵御清軍的進(jìn)攻。清軍既沒有大炮和其他攻城的器械，無法進(jìn)攻城墻。又由于人數(shù)太少，無法包圍葉城，開始陷入進(jìn)退維谷的窘境。兆惠在深思熟慮后，決定在城郊的黑水河（葉爾羌河）畔靠近水源的一處樹林中扎營呵敵軍相持，這樣既可以防止被優(yōu)勢敵軍合圍而缺水，也可以防止敵人用騎兵沖擊。

   立營數(shù)天后，靖逆將軍納穆札爾和參贊大臣三泰帥200名士兵，奉旨前往敵前以取代兆惠。行至葉爾羌地域時，遭到3000名維軍騎兵圍攻，全部陣亡。兆惠全軍與后方道路已經(jīng)隔絕，完全成了孤軍。
  
  立營7天后，兆惠通過偵查，得知霍集占在城南的英奇山放有牧群，于是決定親自帶領(lǐng)1000健銳營士兵前往奪取馬匹和其他牲畜，用作乘騎和軍糧。1758年10月20日，在奪取了黑水河上的渡橋后，兆惠先行渡過河去，1000清軍隨即相繼渡河，以攻打畜牧場。在剛剛渡過400人后，橋梁由于年久失修，轟然斷裂，清軍被河水分割與兩岸。此時，城中的維吾爾軍隊出動1.5萬步兵和騎兵，把渡過河的清軍團團圍住。兆惠帥400人拼死抵抗，不停的用弓箭和火槍射擊蜂擁而至的敵軍，前后殺傷1000多人。怎奈敵軍太多，守備高天喜，統(tǒng)領(lǐng)額實，侍衛(wèi)特通額，副都統(tǒng)三格先后戰(zhàn)死。清軍被分割包圍。不多會，所挈帶的弓箭和火槍槍子都已用盡，兆惠的面部呵腿部負(fù)傷，坐騎也兩次中槍倒斃，渡河的清軍陷入了絕境。
當(dāng)此關(guān)頭，剩余的清軍用馬刀等短兵器一面與敵軍格斗，一面人自為戰(zhàn)，突圍到河邊，浮水逃生，僅余不足一半人逃回了營寨。霍占集指揮軍隊，乘勝直撲清軍的黑水營。兆惠軍營寨外所挖的壕溝很淺，臨時搭建的寨磊也很低矮粗糙。敵步騎軍毫不費力的踏過壁壘，直接攻擊清軍。3000余清軍不到1天時間就用光了弓箭和火槍槍子，但依托這有利地形—樹林，他們用刀矛肉搏，奮力的與敵人作戰(zhàn)，殺傷大量的維吾爾軍?；粽技找共环值倪M(jìn)攻，激烈的戰(zhàn)斗持續(xù)了5天。在遭到大量傷亡后，葉爾羌軍的攻勢被迫停了下來。于是在清軍營寨外修筑壁壘，準(zhǔn)備長期圍困，等清軍糧盡。

   形勢危急，兆惠遣7人分兩批突圍出去，攜帶告急文書奔赴阿克蘇。阿克蘇將兆惠軍的危急情況上報乾隆。

   在清軍的拼死抵抗后，維軍重兵圍困，并掘黑水河試圖湮滅清軍。清軍在營寨中挖掘排水溝，化解了這一險情。于是維軍每日釋放火槍，殺傷被圍清軍。彈丸射入樹干中，清軍挖開樹干，得到大批彈丸，用以回?fù)魯耻?，于是用火槍穩(wěn)固了營寨，暫時度過了危機。

   立營20多天后，出現(xiàn)了轉(zhuǎn)機。不肯附和叛亂的和卓家族的別克額色伊等聯(lián)合柯爾克孜布魯特進(jìn)攻英吉沙。叛軍十分驚恐，懷疑是和清軍合謀而為，于是大和卓派人向兆惠請和，兆惠遵照乾隆以前的諭旨，命大和卓擒霍占集，這個是布拉尼敦?zé)o法做到的。于是兆惠只能繼續(xù)被困于黑水營中。

在每日的鏖戰(zhàn)和饑餓死亡中時間渡過了漫長的2個多月。1759年1月6日。富德帥領(lǐng)16000名八旗，綠營呵索倫援軍終于來到了距黑水孤軍約400里的忽而滿?；糗?000人在此狙擊清軍。雙方用火槍和弓箭相互射擊。清軍瑪瑺帥騎兵用弓箭奔馳射擊，突入敵軍。戰(zhàn)馬中槍而死，瑪瑺于是用短兵呵敵人接戰(zhàn)，身上負(fù)傷十多處。戰(zhàn)斗經(jīng)行了4晝夜。9日在渡過黑水河后，距離黑水軍還有300里路。維軍集中了各處大批軍隊占據(jù)沿途各要點，清軍幾乎不能前行。救援陷入了僵局。此時當(dāng)初分兵扼守喀什葛兒方向的副都統(tǒng)艾隆額在聽聞援兵已到后，帥所分600人趕來支援。途中又遇到巴里坤大臣阿里袞所帥600人和，馬2000匹，駱駝1000頭的 支援部隊。兩軍合為一處，一起奮力沖鋒，所帶的馬駝3000一起奔馳，一時塵煙蔽日，聲勢大振。叛軍不知虛實，向后敗退。兆惠聽聞援軍到來，也帥軍 沖出營寨，前后夾擊維軍?；粽技姅∪肴~爾羌，黑水軍之圍被解，這時距兆惠被圍困已近過去了3個月。解圍后清軍回阿克蘇休整，數(shù)月后集結(jié)軍隊完畢后進(jìn)軍即平定了大小和卓。

黑水之戰(zhàn)是平回疆的重要戰(zhàn)役，此戰(zhàn)中由于乾隆的輕敵冒進(jìn)，導(dǎo)致兆惠孤軍在缺少彈藥的情況下被優(yōu)勢敵軍圍困3個月。最后能成功獲救，不被消滅，一方面由于兆惠本人的堅定地意志和豐富的軍事經(jīng)驗，另一方面是由于乾隆時期的八旗軍，特別是八旗銳健營還具有相當(dāng)強的戰(zhàn)斗力，這也算是八旗軍最后的輝煌了。此后過了不久的時間八旗軍就走上了衰敗的道路，40多年后到嘉慶道光年間時，八旗軍隊已近腐敗到不堪使用了。那個武功盛極一時的八旗京師銳健營也成了八旗子弟遛鳥玩樂的庇護(hù)所了。