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ASCO2014:劉學文醫(yī)生等通過綜合基因組分析探索肺肉瘤樣癌治療靶點

 水共山華 2015-02-10

 肺肉瘤樣癌是一種罕見的、高度侵襲性肺部腫瘤,預后差,傳統(tǒng)化療效果欠佳,患者預后差。人們對其獨特的雙向分化模式分子基礎了解不多。

中山大學華南腫瘤學國家重點實驗室劉學文醫(yī)生等使用微陣列單核苷酸多態(tài)技術(SNP array)和高通量測序技術來識別新型分子治療靶點,提供基于肺肉瘤樣癌分子發(fā)病機制的新治療策略。

研究選取了肺肉瘤樣癌患者新鮮冰凍腫瘤組織和配對的正常組織上提取的 10 對基因組 DNA 樣本。全基因組外顯子測序在哥倫比亞基因組中心操作,腫瘤組織樣本的測序深度中位值為 120x,正常組織為 60x。由 IlluminaTruSeq panel 對福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)的腫瘤組織 DNA 進行確認。

通過對這 10 個患者的 DNA 樣本和另外一個肺肉瘤樣癌隊列的 18 份 FFPE 腫瘤組織提取的 DNA 樣本進行 Sanger 測序,然后選擇 10 個排名第一的基因進行確認。把分離的 DNA 雜交到 Affymetrix SNP 6.0 arrays 芯片上,然后與來自兩個隊列的對照組的 689 名肺腺癌患者對比。

結果顯示,全基因組外顯子測序檢測到 TP53(70%)、KRAS(20%)和 PIK3CA(20%)基因突變,通過 TruSeqIllumina panel 分別進行確認。

10 個基因中有 8 個排在排行榜的頂端,包括 RASA1(20%),RYR2 (20%), CDH4 (20%), CDH7 (20%), LAMB4 (30%), MET (20%), SCAF1 (20%), and LMTK2 (20%),使用 Sanger 測序法對它們進行確認。正在對該隊列的 18 份從 FFPE 腫瘤組織提取的 DNA 樣本進行確認,且將對新的可操作的靶點進行功能確認。

微陣列單核苷酸多態(tài)技術能從腺癌標本中清晰地辨認出肉瘤樣癌標本,后者染色體 3q,7, 8q, 11p, 11q and 17q 拷貝數(shù)明顯增加。

研究表明,高通量測序技術和微陣列單核苷酸多態(tài)技術可確認肺肉瘤樣癌中新分子事件,可能為肺肉瘤樣癌提供新的治療策略。

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編輯: rabbit        

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