后來劉岱為黃巾所殺。曹操兵臨兗州，辟召程昱，程昱一口答應。程昱將行之時，他的鄉(xiāng)人十分疑惑，說他：「怎么你前后的行為相背如此？！」程昱卻只笑而不應。程昱初至之時，曹操便跟他談論大事，十分高興，以程昱為壽張令。曹操征徐州時，令程昱與荀彧留守鄄城。那時張邈等軍作叛，迎呂布入兗，四周郡縣響應，唯有鄄城、范縣、東阿不動。有呂布軍的降兵，指陳宮欲帶兵取東阿，又使泛嶷取范縣，吏民皆十分恐懼。荀彧謂程昱道：「如今兗州作反，唯有此三城得以保全。陳宮等以重兵臨城，如果不能同心結力，三城必震動。而您是吏民之望，如今回去向他們游說，一定可以成功！」程昱于是返回東阿，當時泛嶷已在范縣，范縣縣令靳允經程昱鼓勵，伏兵刺殺泛嶷。程昱又遣別騎占住倉亭津，陳宮軍不能得渡。程昱至東阿時，東阿令棗祗已經率吏民拒城堅守。又有兗州從事薛悌與程昱協(xié)謀，終于守住三城，以待曹操。曹操歸還，執(zhí)程昱之手道：「若非程卿之力，吾無所歸矣?！褂谑潜沓剃艦闁|平相，屯于范縣。
　　《魏書》記載：程昱少時常夢上泰山，兩手捧日。程昱自覺奇異，向荀彧說出這事。待兗州作反時，賴程昱得以保全三城。于是荀彧以程昱之夢告訴曹操。曹操說：「卿當終為吾腹心?！梗眍惐ｏ埻胫ê?？）程昱本名立，曹操乃加其上「日」，更名為昱。
　　196年
　　后來曹操與呂布在濮陽交戰(zhàn)，數(shù)度失利。又有蝗禍，于是雙方引兵暫去。袁紹于是使人游說曹操連和，希望曹操能遷居于鄴城。當時曹操眼見兗州新失，軍糧又將盡，計議之下正想答應袁紹要求。程昱見事，向曹操言道：「竊聞將軍想遣居遷鄴，與袁紹連和，有這樣的事嗎？」曹操說：「是的?！钩剃艅裰G：「程昱認為將軍您只是一時臨事而懼，否則又怎會如此不深思熟慮？袁紹據(jù)有燕、趙之地，懷并吞天下之心，可是其智不能濟其事。將軍自以為能在他底下做事嗎？將軍您有龍虎之威，可以做韓（信）、彭（越）他們這樣臣服于他人的事嗎？如今兗州雖殘，尚有三城可守。能戰(zhàn)之士，不下萬人。以將軍之神武，與文若（荀彧字）、昱等眾，并收城池士兵而加以運用，則霸王之業(yè)可以成就了。愿將軍能深深考慮一下！」曹操才放棄連和袁紹的想法。漢獻帝定都許縣后，以程昱為尚書。其時兗州尚未綏撫停當，于是又以程昱為東中郎將，領濟陰太守，都督兗州事。
　　198年
　　后劉備失去徐州，前來歸附曹操。程昱勸曹操殺劉備，曹操不聽。
　　199年
　　其后更派遣劉備至徐州截擊袁術，程昱與郭嘉向曹操道：「公前日不除掉劉備，如今借之以兵，他必定會有異心。」曹操后悔，但已追之不及。果然，袁術病死后，劉備去到徐州，殺車胄，舉兵背反曹操。
　　200年
　　不久，程昱遷升振威將軍。當時袁紹在黎陽將移兵南渡，而程昱卻只有七百兵守著鄄城，曹操知道危急，命人告訴程昱，欲加二千兵前往鄄城助守。程昱不肯接受，說道：「袁紹擁兵十萬之眾，自以為所向無前。他若見昱領兵少，必不敢輕易來攻。但如果增加了我的士兵，過多則不可不攻，要攻之必克，只會兩損其勢。愿公不要懷疑！」曹操從之。袁紹聞程昱兵少，果然不敢進兵。曹操聞其事，向賈詡道：「程昱之膽，過于賁、育?！?br>　　203年
　　程昱糾合一伙山間民眾及亡命之徒，得精兵數(shù)千人，于是引軍與曹操會師黎陽，討伐袁譚、袁尚。曹操使李典與程昱等以船運軍糧。會和魏郡太守高蕃將兵屯河上，絕水道，曹操對李典、程昱說：“若船不得過，下從陸道?！崩畹渑c諸將議曰：“蕃軍少甲而恃水，有懈怠之心，擊之必克?！背剃乓嘁詾槿弧Ｋ毂倍珊悠聘咿?，水道得通。二袁破走后，程昱拜為奮武將軍，封安國亭侯。
　　208年
　　接著曹操征討荊州，劉備奔吳求助。有人認為孫權必殺劉備，程昱卻料道：「孫權新任在位，尚未為海內所忌憚。而曹公無敵于天下，初舉荊州，威震江表，孫權雖然有謀，亦不能獨自抵擋。劉備則向有英名，關羽、張飛皆是萬人之敵，孫權必定援助他們以防御我軍。之后分道揚鑣，劉備已得到實際資助，那孫權又不能得之而殺了?！箤O權果然補給軍兵與劉備，以抵御曹操。其后中夏地方漸平，曹操撫著程昱之背說道：「兗州之敗，如果不用君言，我又怎可以來到這里？」程昱答道：「昱知足不辱，如今可以退了?！褂谑亲员韽拇藲w兵，闔門不出。
　　211年
　　曹操征馬超時，曹丕留守，又使程昱參知軍事。時田銀、蘇伯等于河間作反，曹丕遣將軍賈信討之。賊兵有千余人來請降，朝中議者皆以為應按照舊法所示，盡誅降軍，程昱卻說：「所要誅降者的方略，是當在局勢擾攘之時才做，因為天下亂起，圍而后降者不赦，可以示威于天下，開其先例，使敵人知懼，未圍先降，那以后用兵才不至于往往需要圍城。如今天下大概已經略定，而且戰(zhàn)事發(fā)在邦域之中，這些都是必降之賊，殺了他們也沒有可以示威示懼的地方，非復以前所以誅降之用意。故臣以為不可誅；如果要誅殺他們，宜先啟聞于曹公?！贡娮h者都說：「軍事方面我們可以專命，不須每每啟奏于上。」程昱聞言不答。曹丕離開議堂，特意引見程昱問道：「你所言之事是否尚有未盡？」程昱答道：「凡所謂專命，都是指有臨時之急，需要決策于呼吸之間之事而此。如今內賊已制在賈信手上，決無朝夕之異變。因此老臣不愿將軍進行專命之事?！共茇У溃骸妇紤]得十分妥當?！箤崟r將此事交待給曹操，曹操果然下令不誅降者。曹操還都后，知道內情后十分喜悅，謂程昱道：「君不止是明于軍事計略，亦善處人事于父子之間?！?br>　　程昱生性剛戾，與人多有不和。有人誣告程昱謀反，而曹操卻對其賜待益厚。
　　213年
　　魏國建立時，程昱為衛(wèi)尉，因與中尉邢貞爭威儀，遭到罷免。
　　220年
　　后曹丕代漢稱帝，程昱復為衛(wèi)尉，進封安鄉(xiāng)侯，增邑三百戶，并前共有八百戶。分封少子程延及孫程曉為列侯。朝廷正欲以程昱為公，程昱卻在此時去世，曹丕亦為之流涕，追贈車騎將軍，謚曰肅侯，壽八十。其子程武嗣任。程武死后，其子程克嗣任。程克死后，其子程良嗣任程昱
　　郭頒的《魏晉世語》中有一段：「初，曹操乏食，昱略其本縣，供三日糧，頗雜以人脯，由是失朝望，故位不至公。」人脯就是人肉。解釋了程昱位不至公的原因，如是這樣，「方欲以（程昱）為公」這句，就可以斟酌了。
　　233年
　　程昱從祀于曹操廟庭。
　　歷史評價
　　王彧：“程昱有謀，能斷大事?！?br>　　曹操：“程昱之膽，過于賁、育。”
　　陳壽：“昱性剛戾，與人多迕”、“程昱，世之奇士，雖清治德業(yè)，殊於荀攸，而籌畫所料，是其倫也?！?/div>