1991年《外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施細(xì)則、1994年《企業(yè)所得稅暫行條例》及其實(shí)施細(xì)則對于企業(yè)無形資產(chǎn)以原價或?qū)嶋H成本進(jìn)行攤銷，但未規(guī)定可以加計扣除，其中《企業(yè)所得稅暫行條例》及其實(shí)施細(xì)則對內(nèi)資企業(yè)自行開發(fā)的無形資產(chǎn)發(fā)生的支出未形成資產(chǎn)的部分準(zhǔn)予扣除。

　　為了貫徹落實(shí)《中共中央，國務(wù)院關(guān)于加速科學(xué)技術(shù)進(jìn)步的決定》，1996年4月7日，財政部和國家稅務(wù)總局聯(lián)合發(fā)布《關(guān)于促進(jìn)企業(yè)技術(shù)進(jìn)步有關(guān)財務(wù)稅收問題的通知》（財工字[1996]041號），企業(yè)研究開發(fā)新產(chǎn)品，新技術(shù)，新工藝所發(fā)生的各項費(fèi)用，包括新產(chǎn)品設(shè)計費(fèi)，首次規(guī)定企業(yè)的研發(fā)支出可以加計扣除。根據(jù)41號文，研究開發(fā)費(fèi)用包括工藝規(guī)程制定費(fèi)，設(shè)備調(diào)整費(fèi)，原材料和半成品的試驗費(fèi)，技術(shù)圖書資料費(fèi)，未納入國家計劃的中間試驗費(fèi)，研究機(jī)構(gòu)人員的工資，研究設(shè)備的折舊，與新產(chǎn)品的試制，技術(shù)研究有關(guān)的其他經(jīng)費(fèi)以及委托其他單位進(jìn)行科研試制的費(fèi)用，不受比例限制，計入管理費(fèi)用。上述費(fèi)用如果逐年增長且增長幅度在10%以上的企業(yè)，可再按實(shí)際發(fā)生額的50%抵扣應(yīng)稅所得額。但是，該項政策僅適用國有、集體工業(yè)企業(yè)。

　　為進(jìn)一步明確企業(yè)加計扣除的條件，國家稅務(wù)總局隨后頒布了《關(guān)于促進(jìn)企業(yè)技術(shù)進(jìn)步有關(guān)稅收問題的補(bǔ)充通知》（國稅發(fā)〔1996〕152號）。根據(jù)152號文，盈利企業(yè)研究開發(fā)新產(chǎn)品、新技術(shù)、新工藝所發(fā)生的各項費(fèi)用，比上年實(shí)際發(fā)生額增長達(dá)到10%以上(含10%)，其當(dāng)年實(shí)際發(fā)生的費(fèi)用除按規(guī)定據(jù)實(shí)列支外，年終經(jīng)由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核批準(zhǔn)后，可再按其實(shí)際發(fā)生額的50%，直接抵扣當(dāng)年應(yīng)納稅所得額；增長未達(dá)到10%以上的，不得抵扣。虧損企業(yè)發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用，只能按規(guī)定據(jù)實(shí)列支，不實(shí)行增長達(dá)到一定比例抵扣應(yīng)納稅所得額的辦法。此外盈利企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用比上年增長達(dá)到10%以上的其實(shí)際發(fā)生額的50%，如大于企業(yè)當(dāng)年應(yīng)納稅所得額，可就其不超過應(yīng)納稅所得額的部分，予以抵扣；超過部分，當(dāng)年和以后年度均不再抵扣。

　　1999年，國家稅務(wù)總局就企業(yè)研發(fā)費(fèi)用加計扣除頒布第一個專門性文件，即《企業(yè)技術(shù)開發(fā)費(fèi)稅前扣除管理辦法》（國稅發(fā)〔1999〕49號）。49號文除重申41號文和152號文的上述加計扣除條件外，對企業(yè)申請研發(fā)費(fèi)用加計扣除的審批程序做了明確規(guī)定，從而使企業(yè)研發(fā)費(fèi)用加計扣除更具可操作性。

　　2006年開始，國家稅務(wù)總局改變了企業(yè)研發(fā)費(fèi)用扣除不得往后結(jié)轉(zhuǎn)的規(guī)定。根據(jù)2006年財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新有關(guān)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的通知》（財稅〔2006〕88號）文，對財務(wù)核算制度健全、實(shí)行查賬征稅的內(nèi)外資企業(yè)、科研機(jī)構(gòu)、大專院校等（以下統(tǒng)稱企業(yè)），在一個納稅年度實(shí)際發(fā)生的下列技術(shù)開發(fā)費(fèi)項目：包括新產(chǎn)品設(shè)計費(fèi)，工藝規(guī)程制定費(fèi)，設(shè)備調(diào)整費(fèi)，原材料和半成品的試制費(fèi)，技術(shù)圖書資料費(fèi)，未納入國家計劃的中間實(shí)驗費(fèi)，研究機(jī)構(gòu)人員的工資，用于研究開發(fā)的儀器、設(shè)備的折舊，委托其他單位和個人進(jìn)行科研試制的費(fèi)用，與新產(chǎn)品的試制和技術(shù)研究直接相關(guān)的其他費(fèi)用，在按規(guī)定實(shí)行100％扣除基礎(chǔ)上，允許再按當(dāng)年實(shí)際發(fā)生額的50％在企業(yè)所得稅稅前加計扣除。企業(yè)年度實(shí)際發(fā)生的技術(shù)開發(fā)費(fèi)當(dāng)年不足抵扣的部分，可在以后年度企業(yè)所得稅應(yīng)納稅所得額中結(jié)轉(zhuǎn)抵扣，抵扣的期限最長不得超過五年。

　　2008年新頒布《企業(yè)所得稅法》及《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》延續(xù)了企業(yè)研發(fā)費(fèi)用加計扣除的政策，也取消了41號文和49號文規(guī)定的各項限制性條件。當(dāng)然，企業(yè)所得稅法統(tǒng)一適用于境內(nèi)所有企業(yè)，因此加計扣除的政策也不只是適用于國有、集體工業(yè)企業(yè)。根據(jù)《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第九十五條，企業(yè)所得稅法第三十條第(一)項所稱研究開發(fā)費(fèi)用的加計扣除，是指企業(yè)為開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用，未形成無形資產(chǎn)計入當(dāng)期損益的，在按照規(guī)定據(jù)實(shí)扣除的基礎(chǔ)上，按照研究開發(fā)費(fèi)用的50%加計扣除；形成無形資產(chǎn)的，按照無形資產(chǎn)成本的150%攤銷。由于《企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例屬于國家層面的立法文件，因此我國正式從法律上確認(rèn)了我國企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用加計扣除的基本基本制度。

　　為規(guī)范企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用的稅前扣除及有關(guān)稅收優(yōu)惠政策的執(zhí)行，國家稅務(wù)總局印發(fā)《企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）》（國稅發(fā)〔2008〕116號）。116號文規(guī)定，企業(yè)從事《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南（2007年度）》規(guī)定項目的研究開發(fā)活動，其在一個納稅年度中實(shí)際發(fā)生的下列費(fèi)用支出，允許在計算應(yīng)納稅所得額時按照規(guī)定實(shí)行加計扣除：

　　（一）新產(chǎn)品設(shè)計費(fèi)、新工藝規(guī)程制定費(fèi)以及與研發(fā)活動直接相關(guān)的技術(shù)圖書資料費(fèi)、資料翻譯費(fèi)。

　　（二）從事研發(fā)活動直接消耗的材料、燃料和動力費(fèi)用。

　　（三）在職直接從事研發(fā)活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補(bǔ)貼。

　　（四）專門用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備的折舊費(fèi)或租賃費(fèi)。

　　（五）專門用于研發(fā)活動的軟件、專利權(quán)、非專利技術(shù)等無形資產(chǎn)的攤銷費(fèi)用。

　　（六）專門用于中間試驗和產(chǎn)品試制的模具、工藝裝備開發(fā)及制造費(fèi)。

　　（七）勘探開發(fā)技術(shù)的現(xiàn)場試驗費(fèi)。

　　（八）研發(fā)成果的論證、評審、驗收費(fèi)用。

　　根據(jù)116號文，不允許企業(yè)所得稅前扣除的費(fèi)用和支出項目，均不允許計入研究開發(fā)費(fèi)用，因此企業(yè)從政府部門取得的財政性資金用于研發(fā)費(fèi)支出的，不得享受加計扣除稅收優(yōu)惠。此外，116號文還對合作開發(fā)、集團(tuán)公司集中開發(fā)的研發(fā)費(fèi)用的扣除作了明確規(guī)定。

　　為進(jìn)一步明確可以加計扣除的研發(fā)費(fèi)用范圍，財政部、國家稅務(wù)總局于2013年9月29日頒發(fā)《關(guān)于研究開發(fā)費(fèi)用稅前加計扣除有關(guān)政策問題的通知》（財稅〔2013〕70號），70號文第一條規(guī)定：企業(yè)從事研發(fā)活動發(fā)生的下列費(fèi)用支出，可納入稅前加計扣除的研究開發(fā)費(fèi)用范圍：

　　（一）企業(yè)依照國務(wù)院有關(guān)主管部門或者省級人民政府規(guī)定的范圍和標(biāo)準(zhǔn)為在職直接從事研發(fā)活動人員繳納的基本養(yǎng)老保險費(fèi)、基本醫(yī)療保險費(fèi)、失業(yè)保險費(fèi)、工傷保險費(fèi)、生育保險費(fèi)和住房公積金。

　　（二）專門用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備的運(yùn)行維護(hù)、調(diào)整、檢驗、維修等費(fèi)用。

　　（三）不構(gòu)成固定資產(chǎn)的樣品、樣機(jī)及一般測試手段購置費(fèi)。

　　（四）新藥研制的臨床試驗費(fèi)。

　　（五）研發(fā)成果的鑒定費(fèi)用。

　　70號文列明的上述五項費(fèi)用范圍，并非取代116號文，而是對116號文的補(bǔ)充。70號文還規(guī)定，企業(yè)可以聘請具有資質(zhì)的會計師事務(wù)所或稅務(wù)師事務(wù)所，出具當(dāng)年可加計扣除研發(fā)費(fèi)用專項審計報告或鑒證報告。稅務(wù)機(jī)關(guān)如果對企業(yè)申報的研究開發(fā)項目有異議的，可要求企業(yè)提供地市級（含）以上政府科技部門出具的研究開發(fā)項目鑒定意見書。

　　除上述有權(quán)企業(yè)研發(fā)費(fèi)用加計扣除的全國適用的規(guī)范性稅務(wù)文件之外，財政部、國家稅務(wù)總局分別于2010年和2013年頒布兩項針對特殊區(qū)域內(nèi)企業(yè)研發(fā)費(fèi)用扣除的政策，分別是《對中關(guān)村科技園區(qū)建設(shè)國家自主創(chuàng)新示范區(qū)有關(guān)研究開發(fā)費(fèi)用加計扣除試點(diǎn)政策的通知》（財稅〔2010〕81號）和《關(guān)于中關(guān)村、東湖、張江國家自主創(chuàng)新試點(diǎn)地區(qū)和合蕪蚌自主創(chuàng)新綜合試驗區(qū)有關(guān)研究開發(fā)費(fèi)加計扣除試點(diǎn)政策的通知》（財稅〔2013〕13號），其中81號文因適用期滿而失效，13號文有效期至2014年12月31日。

　　上述文件為一般性規(guī)定，國家稅務(wù)總局還會同其他主管部門就特定行業(yè)的研發(fā)費(fèi)用扣除聯(lián)合發(fā)文。

　　2000年，農(nóng)業(yè)部、國家發(fā)展計劃委員會、國家經(jīng)濟(jì)貿(mào)易委員會、財政部、對外貿(mào)易經(jīng)濟(jì)合作部、中國人民銀行、國家稅務(wù)總局、中國證券監(jiān)督管理委員會印發(fā)《關(guān)于扶持農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化經(jīng)營重點(diǎn)龍頭企業(yè)的意見》（農(nóng)經(jīng)發(fā)〔2000〕8號），為了鼓勵重點(diǎn)龍頭企業(yè)加快技術(shù)開發(fā)和技術(shù)創(chuàng)新，規(guī)定重點(diǎn)龍頭農(nóng)業(yè)企業(yè)研究開發(fā)新產(chǎn)品、新技術(shù)、新工藝所發(fā)生的各項費(fèi)用在企業(yè)所得稅前扣除的辦法，按照41號文和152號文的規(guī)定執(zhí)行。

　　為鼓勵文化產(chǎn)業(yè)發(fā)展，2009年財政部、海關(guān)總署、國家稅務(wù)總局《關(guān)于支持文化企業(yè)發(fā)展若干稅收政策問題的通知》（財稅〔2009〕31號），規(guī)定文化企業(yè)開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用，允許按國家稅法規(guī)定在計算應(yīng)納稅所得額時加計扣除。

　　為支持煤氣層開采企業(yè)發(fā)展，2007年財政部、國家稅務(wù)總局頒布《關(guān)于加快煤層氣抽采有關(guān)稅收政策問題的通知》（財稅〔2007〕16號），規(guī)定對財務(wù)核算制度健全、實(shí)行查賬征稅的煤層氣抽采企業(yè)研究開發(fā)新技術(shù)、新工藝發(fā)生的技術(shù)開發(fā)費(fèi)，在按規(guī)定實(shí)行100%扣除基礎(chǔ)上，允許再按當(dāng)年實(shí)際發(fā)生額的50％在企業(yè)所得稅稅前加計扣除。

　　2008年7月8日，科技部、財政部、國家稅務(wù)總局印發(fā)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》（國科發(fā)火〔2008〕362號），通過列舉方式明確對高新技術(shù)企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用的歸集范圍。