合作社的資金包括自有資金和借入資金。自有資金是通過成員出資、提取公積金、國家財政直接補助、他人捐贈等途徑獲得的，合作社對其享有占有、使用和處分的權利，并以此作為參與盈余分配和承擔債務的依據(jù)，體現(xiàn)的是合作社與成員的產(chǎn)權關系。借入資金是通過向成員借款、向外單位或個人借款、向銀行貸款等途徑獲得的，合作社對其只有使用權，到期后要償還本金和支付利息，體現(xiàn)的是合作社與債權人的債權債務關系。正確區(qū)分和核算自有資金和借入資金，對合作社的生產(chǎn)經(jīng)營、資產(chǎn)處置、盈余分配等經(jīng)濟活動具有重要意義。
　　一、自有資金
　　1、成員出資。成員出資是成員按照合作社章程規(guī)定，自愿繳納的資金，是區(qū)別合作社成員與非成員的標志，是成員參與合作社盈余分配的重要依據(jù)，也是承擔合作社經(jīng)營風險的主要依據(jù)。
　　成員入社投入貨幣資金和非貨幣資產(chǎn)時，按實際收到的金額和投資各方確認的價值，借記“庫存現(xiàn)金”、“銀行存款”、“固定資產(chǎn)”、“產(chǎn)品物資”、“無形資產(chǎn)”等科目，按其合作社與成員確認的股金額，貸記“股金”科目，實際出資與確認的股金額之間的差額，貸記或借記“資本公積”科目。
　　【例1】合作社收到成員入社投入現(xiàn)金20萬元，存款10萬元，農(nóng)業(yè)機械5臺評估確認價為3萬元，協(xié)議確認股金額32萬元。會計分錄為：
　　借:庫存現(xiàn)金 200000
　　　 銀行存款 100000
固定資產(chǎn) 30000
貸：股金 320000
資本公積 10000
2、公積金。公積金是合作社按照章程規(guī)定或者成員大會決議從當年盈余中提取的。公積金用于彌補虧損、擴大生產(chǎn)經(jīng)營或者轉為成員出資。每年提取的公積金要按照章程規(guī)定量化為每個成員的份額。
合作社從當年實現(xiàn)的可分配盈余中，按章程規(guī)定的比例提取公積金時，借“盈余分配—各項分配”科目，貸“盈余公積”科目。會計分錄為：
【例2】年終，合作社實現(xiàn)可分配盈余100000元，按章程規(guī)定提取10%的公積金。會計分錄為：
借：盈余分配—各項分配 10000
貸：盈余公積—各成員 10000
3、國家財政直接補助資金。國家財政直接補助資金是國家財政為支持和鼓勵合作社發(fā)展直接撥付的補助資金。形成財產(chǎn)的國家財政補助資金要平均量化為每個成員的份額，該份額僅作盈余分配依據(jù)，成員退社后不再享有。合作社在解散、破產(chǎn)清算時，這部分財產(chǎn)也不得作為可分配剩余資產(chǎn)分配給成員，處置辦法由國務院規(guī)定。
合作社收到國家財政直接補助資金時，借記“庫存現(xiàn)金”、“銀行存款”等科目，貸記“專項應付款”科目。合作社按照國家財政補助資金的項目用途，取得固定資產(chǎn)、農(nóng)業(yè)資產(chǎn)、無形資產(chǎn)等時，按實際支出，借記“固定資產(chǎn)”、“牲畜（禽）資產(chǎn)”、“林木資產(chǎn)”、“無形資產(chǎn)”等科目，貸記“庫存現(xiàn)金”、“銀行存款”等科目，同時借記“專項應付款”科目，貸記“專項基金”科目；用于開展信息、培訓、農(nóng)產(chǎn)品質量標準與認證、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)基礎設施建設、市場營銷和技術推廣等項目支出時，借記“專項應付款”科目，貸記“庫存現(xiàn)金”、“銀行存款”等科目。
【例3】合作社收到國家財政直接補助資金10萬元，其中：7萬元用來購買辦公場所,1萬元購買辦公桌椅，1萬元用于農(nóng)業(yè)技術推廣，1萬元用于成員培訓。會計分錄為：
①收到補助資金時：
借:銀行存款 100000
貸：專項應付款 100000
②購買管理用固定資產(chǎn)時：
借：固定資產(chǎn)—辦公室 70000
—桌椅 10000
貸：銀行存款 80000
同時，轉入“專項基金” 科目
借：專項應付款 80000
貸：專項基金 80000
③用于農(nóng)業(yè)技術推廣和成員培訓時：
借：專項應付款 —技術推廣 10000
—成員培訓 10000
貸：銀行存款 20000
4、他人捐贈資金。他人捐贈資金是合作社收到他人捐贈的貨幣資金和非貨幣資產(chǎn)的總稱。形成財產(chǎn)的他人捐贈資金也要平均量化到每個成員，作為盈余分配依據(jù)，成員退社后不再享有。
合作社實際收到他人捐贈的貨幣資金和非貨幣資產(chǎn)時，借記“庫存現(xiàn)金”、“銀行存款”、“固定資產(chǎn)”、“產(chǎn)品物資”等科目，貸記“專項基金”科目。
【例4】合作社收到某公司捐贈的拖拉機一臺，所附發(fā)票售價為1.7萬元，相關稅費及運輸費共計0.3萬元。會計分錄為：
借：固定資產(chǎn)—拖拉機 20000
貸：專項基金 20000
二、借入資金
1、借款。借款是指合作社從銀行等金融機構以及外部單位和個人借入的各項款項。包括短期借款和長期借款，借款期限在一年以下（含一年）為短期借款，借款期限在一年以上的為長期借款。
合作社借款從銀行、信用社或其他金融機構，以及外部單位和個人借入款時，借記“庫存現(xiàn)金、銀行存款”科目，貸記“短期借款” 、“長期借款”科目。
【例5】合作社從農(nóng)村信用社貸款20000元，期限6個月，直接轉存合作社賬戶。會計分錄為：
借：銀行存款 20000
貸：短期借款 20000
【例6】合作社借甲公司30000元，期限為2年，所得支票存入農(nóng)村信用社。會計分錄為：
借：銀行存款—信用社 30000
貸：長期借款—甲公司 30000
2、成員往來。成員往來是指合作社與其成員的經(jīng)濟往來業(yè)務。成員往來雖然不屬于負債類科目，但《農(nóng)民專業(yè)合作社財務會計制度（試行）》規(guī)定，資產(chǎn)負債表中“應付款項”項目應根據(jù)“應付款”和“成員往來”各明細賬戶年末貸方余額合計數(shù)填列，因此將成員往來貸方余額列為負債。
合作社與其成員發(fā)生應付款項和收回應收款項時，借記“庫存現(xiàn)金”、“銀行存款”、“產(chǎn)品物資”等科目，貸記“成員往來”科目；償還應付款項和發(fā)生應收款項時，借記“成員往來”科目，貸記“庫存現(xiàn)金”、“銀行存款”等科目。
【例7】合作社賒購甲成員水果10000元，10天后，償還其全部欠款。會計分錄為：
①賒購業(yè)務發(fā)生時：
借：產(chǎn)品物資 10000
貸：成員往來—甲成員 10000
②償還甲成員欠款時:
借：成員往來—甲成員 10000
貸：庫存現(xiàn)金 10000