全寺殿堂飛檐斗拱，以重檐歇山頂、一斗三升居多。青磚灰沙砌  南華禪寺墻，琉璃碧瓦為面，灰脊、琉璃珠脊剎、蔓草式脊吻。重要殿堂脊吻與脊剎間置琉璃鰲魚，正脊兩端飾夔龍脊頭。多用木圓柱為支柱并將殿堂分為多間，石柱礎(chǔ)多覆盆式。門窗則多花格門、格子窗欞。主要殿堂和鐘鼓樓的大木梁都是用巨大鐵力木（坤甸木）架成（為清初平南王尚可喜重修南華寺時所用之木）。大雄寶殿高16.7米、寬34.2米（七間）、進深28.5米（七間）。重檐歇山頂，前后乳袱用七柱、二十六檁，柱頭鋪作為六鋪作，三抄，無昂，偷心座，補間鋪作用二朵。琉璃碧瓦，灰脊，蔓草脊吻，琉璃珠脊剎。格子窗欞，前后均花格門。是廣東省最大的寺廟建筑。三寶大佛塑于大雄寶殿正中屏墻神龕之上，連座均8.31米，全身遍貼金箔。觀音菩薩泥塑立于三寶佛后屏墻，身高4米，遍貼金箔，跣足立于鰲頭，左手倒持凈瓶，右手輕執(zhí)柳枝。五百羅漢泥塑群分塑大雄寶殿四壁及后屏墻，每尊身高約1.1米，與名山大海渾為一體，氣勢磅礴。彌勒佛塑像坐于天王殿正中屏墻神龕之上，體寬肚凸，笑口常開，憨態(tài)可掬。四大天王塑像兩兩分立天王殿東西兩廂，手持法器，面目猙獰。

　　靈照塔為樓閣式八角五層澀檐出平座磚塔。塔高29.6米，底徑11米。塔頂用生鐵鑄成“堵婆”式，銅鑄寶瓶塔剎。初建于唐先天年間（公元712～713年），唐元和七年（公元812年）憲宗賜額曰“元和靈照之塔”。初建時為木塔，多次焚毀重建，至明成化年間（1465～1487）始改為磚塔。今仍保持明代原貌，為南華寺最古、最高的建筑。祖殿中央三座仿阿育王式木塔佛龕分別供奉著三具肉體真身菩薩，左為明代丹田和尚真身，右為明代憨山德清和尚真身，居中者則為禪宗六祖慧能和尚真身。