準噶爾部強盛時，曾利用南疆統(tǒng)治集團的內(nèi)訌插手南疆政局。它扶持伊斯蘭教白山派和卓阿合瑪特作為代理人治理南疆；后來阿合瑪特稍有反抗就被押到伊犁長期囚禁。他的兩個兒子波羅尼都和霍集占，人稱大小和卓也一直在伊犁過著囚禁生活。1755年，清朝政府平定達瓦齊集團后，釋放了大小和卓并委以重任，命大和卓波羅尼都回南疆統(tǒng)治舊部，小和卓霍集占留在伊犁管理南疆來的移民。大和卓波羅尼都對此安排非常滿意，會同清軍將領(lǐng)阿敏道一同去南疆，并倚靠清軍的聲威順利掌管了本由黑山派和卓控制的烏什、喀什、葉爾羌等地，在那里恢復(fù)白山派的統(tǒng)治。小和卓霍集占接受清朝政府的安排后，卻在伊犁參加了阿睦爾撒納叛亂，失敗后逃往南疆，策動哥哥大和卓波羅尼都一起叛亂。波羅尼都為人優(yōu)柔寡斷，所以霍集占的主張占了上風(fēng)。1757年霍集占打出“巴爾圖汗”的旗號，殺戮清軍將領(lǐng)阿敏道和所屬100多名官兵大舉反叛。大小和卓恢復(fù)白山派統(tǒng)治的行動，引起了當?shù)厥浪追饨ㄖ骱谏脚珊妥康募岛?，他們在清軍的平叛過程中占到清軍方面，也就決定了大小和卓必然失敗的歷史命運。


    1758年夏，清軍將軍雅爾哈善率一萬多人從吐魯番出發(fā)，經(jīng)過庫車、阿克蘇、拜城、烏什等地，直逼大小和卓的據(jù)守之地。小和卓霍集占退守葉爾羌（今莎車），與喀什的大和卓波羅尼都互成犄角之勢以抗清軍。同年10月，大將軍兆惠領(lǐng)兵3000直抵葉爾羌城下，由于孤軍深入，被小和卓的15000多人圍困3個多月，直到援軍到來才突圍而出。1759年，清軍兵分兩路，一路由兆惠率領(lǐng)，從烏什攻喀什；另一路由富德率領(lǐng)，由和田直取葉爾羌。大小和卓自知不敵，逃往巴達克山（今阿富汗境內(nèi)）。清軍窮追不舍，在邊境一帶大獲全勝，大小和卓的親兵和被裹脅的群眾向清軍投降，兩人只帶百余人逃到巴達克山，被當?shù)厥最I(lǐng)素爾坦沙擒獲處死。至此，大小和卓叛亂被平定，南疆恢復(fù)了往日的寧靜。