（一）水土資源不足成為制約農(nóng)村水利發(fā)展的重要外部條件。北方地區(qū)灌溉水源不足以及南方地區(qū)水源污染已成為制約農(nóng)田灌溉和農(nóng)村飲水安全事業(yè)發(fā)展的關(guān)鍵因素之一。與此同時(shí)，18億畝耕地中自然社會(huì)條件較好、容易發(fā)展灌溉的耕地多已興建灌排設(shè)施，而余下9億多畝耕地多屬于靠天吃飯的中低產(chǎn)田，發(fā)展灌溉的難度越來(lái)越大。每年占用的耕地中，絕大多數(shù)都是有灌排設(shè)施的基本農(nóng)田。人口增加對(duì)糧食等農(nóng)產(chǎn)品需求的剛性增長(zhǎng)與水土資源不足的矛盾日益尖銳，解決矛盾的出路在于節(jié)水、節(jié)地，提高資源的利用效率。

然而，現(xiàn)行的節(jié)水政策很不健全，僅靠號(hào)召難以持久地調(diào)動(dòng)供水者、用水者的節(jié)水積極性。例如，絕大多數(shù)水庫(kù)、灌區(qū)管理機(jī)構(gòu)實(shí)行“自收自支”財(cái)務(wù)政策，靠賣水收取水費(fèi)維持運(yùn)行。供的水愈多，水費(fèi)收入就愈高，職工才能按時(shí)發(fā)放工資（許多地方的標(biāo)準(zhǔn)經(jīng)常低于國(guó)家規(guī)定）。推行節(jié)水后，用水戶減少了水費(fèi)支出，區(qū)域、流域的水供需矛盾得到緩解，生態(tài)環(huán)境用水有所增加，但水庫(kù)或灌區(qū)專管機(jī)構(gòu)收入的減少卻沒(méi)有補(bǔ)償來(lái)源，很大程度上影響了供水者的節(jié)水積極性和主動(dòng)性。應(yīng)當(dāng)建立包括政府在內(nèi)的受益者補(bǔ)償節(jié)水投入和因節(jié)水給供水單位帶來(lái)經(jīng)濟(jì)損失的政策。此外，早在20世紀(jì)90年代中期，有關(guān)部委就出臺(tái)了《占用灌溉水源和灌溉設(shè)施補(bǔ)償辦法》，但這一辦法在各地基本上沒(méi)有得到貫徹落實(shí)，導(dǎo)致每年新發(fā)展的灌溉面積和各種原因衰減的面積增減相抵后，凈增不多，這也是近幾十年灌溉面積增長(zhǎng)緩慢的原因之一。

（二）缺乏必要的激勵(lì)、約束、懲罰性法規(guī)、政策和制度。過(guò)去幾十年，黨中央、國(guó)務(wù)院通過(guò)多種途徑反復(fù)強(qiáng)調(diào)加強(qiáng)農(nóng)田水利基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的重要性，近幾年的多個(gè)中央1號(hào)文件提出的要求更加具體明確。但是在市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)的大環(huán)境下，一些部門(mén)和許多地方政府受經(jīng)濟(jì)利益的影響，往往是遇到大旱大澇時(shí)重視農(nóng)田水利，災(zāi)情過(guò)后糧食供應(yīng)穩(wěn)定了，農(nóng)田水利就得不到真正重視，鞏固和加強(qiáng)農(nóng)村水利基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的長(zhǎng)效機(jī)制遠(yuǎn)未建立。因此，必須要建立可操作性強(qiáng)的激勵(lì)和約束制度，保障農(nóng)村水利發(fā)展有一個(gè)長(zhǎng)效機(jī)制。

（三）農(nóng)戶分散經(jīng)營(yíng)體制與農(nóng)村水利工程集約化管理、社會(huì)化服務(wù)要求之間的矛盾，加大了農(nóng)村水利管理體制改革的難度。國(guó)家從保障糧食安全和農(nóng)產(chǎn)品供給角度，要求農(nóng)民投勞集資，承擔(dān)起興修農(nóng)田水利的責(zé)任和義務(wù)。而農(nóng)民從糧食生產(chǎn)等種植業(yè)中的純收入不足以維持其基本生活，增加收入是農(nóng)民的強(qiáng)烈愿望，國(guó)家的宏觀目標(biāo)與農(nóng)民的利益追求實(shí)際上并不完全相吻合。過(guò)去幾十年，農(nóng)田水利基本建設(shè)的傳統(tǒng)做法是各級(jí)黨委政府直接組織，用責(zé)任狀或行政命令等方式，層層動(dòng)員組織農(nóng)民完成投勞集資任務(wù)。這種做法在計(jì)劃經(jīng)濟(jì)體制下全國(guó)大辦農(nóng)業(yè)，解決糧食不足時(shí)曾經(jīng)發(fā)揮了巨大的作用。在農(nóng)村稅費(fèi)改革，取消“兩工”的新形勢(shì)下，許多縣、鄉(xiāng)基層干部感到農(nóng)田水利基本建設(shè)沒(méi)有了“抓手”，組織不起來(lái)。有些地方探索“民營(yíng)水利”改革，嘗試由私人組織興辦農(nóng)村水利，但這種改革效果的持久性有待實(shí)踐檢驗(yàn)。當(dāng)前農(nóng)田水利基本建設(shè)需要找到一種政府能夠履行職責(zé)，有 “抓手”，同時(shí)又能調(diào)動(dòng)廣大農(nóng)民參與積極性，以主人身份參與的方法。

（四）投入不足是制約農(nóng)村水利發(fā)展的關(guān)鍵因素之一。粗略估算，不含農(nóng)村供水設(shè)施，僅灌溉排水為主的大中小型農(nóng)田水利工程配套改造每年就需300―400億元的投資。按目前的投入力度，需要四五十年才能還清。由于投入不足，造成過(guò)去建設(shè)的大量工程標(biāo)準(zhǔn)低、不配套，也使老化失效工程得不到及時(shí)改造和更新。改革開(kāi)放30年，年年都強(qiáng)調(diào)要增加投入，但并未明確具體的投入責(zé)任主體和主渠道?，F(xiàn)行的農(nóng)村水利投入政策，無(wú)論是灌排工程，還是農(nóng)村飲水安全工程，國(guó)家都要求總投資的一半由地方和受益農(nóng)民配套。哪種類型的工程農(nóng)民應(yīng)由農(nóng)民承擔(dān)投勞責(zé)任，哪種類型的工程應(yīng)由各級(jí)政府負(fù)責(zé)建設(shè)和維護(hù)管理、以及如何確定不同地區(qū)農(nóng)民負(fù)擔(dān)能力等，需要從政策上進(jìn)一步界定。

（五）建立良性運(yùn)行機(jī)制，仍是農(nóng)村水利發(fā)展中有待解決的大問(wèn)題。問(wèn)題的根源之一是大量公益性較強(qiáng)、公共使用的農(nóng)村水利工程、產(chǎn)權(quán)不清、“業(yè)主缺位”、管理主體責(zé)任不落實(shí)。原因之二是現(xiàn)行農(nóng)業(yè)水價(jià)政策不合理，對(duì)弱質(zhì)產(chǎn)業(yè)和弱勢(shì)群體的實(shí)際承擔(dān)能力估計(jì)過(guò)高。過(guò)去20年，已經(jīng)出臺(tái)的多個(gè)水價(jià)政策，都要求農(nóng)業(yè)供水（主要是農(nóng)田灌溉用水）水價(jià)按補(bǔ)償全成本原則計(jì)收。但事實(shí)是沒(méi)有一個(gè)地方政府批準(zhǔn)的水價(jià)符合上述要求，在考慮了農(nóng)民和農(nóng)業(yè)的實(shí)際負(fù)擔(dān)能力后，通常水費(fèi)只有全成本的一半左右。養(yǎng)護(hù)經(jīng)費(fèi)不足、設(shè)施老化失修、管理人員報(bào)酬待遇太低、業(yè)務(wù)骨干流失、管理隊(duì)伍能力偏低，如此，惡性循環(huán)。近年來(lái)，一些地方嘗試讓農(nóng)民用水戶組織起來(lái)，承擔(dān)起農(nóng)村水利工程建設(shè)和管理“業(yè)主”責(zé)任，賦予其相應(yīng)的權(quán)利，試圖依靠它來(lái)解決上述問(wèn)題。但是，這種管理體制的推行，需要必要的外部條件和一個(gè)相當(dāng)長(zhǎng)期的過(guò)程。

（六）缺乏能夠整合多部門(mén)分散管理現(xiàn)有農(nóng)村水利建設(shè)資金的有效機(jī)制。目前，扶持農(nóng)村水利基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)資金由多個(gè)部門(mén)分別管理，帶來(lái)一些地方重復(fù)立項(xiàng)建設(shè)，用國(guó)家資金相互配套等問(wèn)題。暴露出農(nóng)村水利規(guī)劃滯后、缺乏權(quán)威性等問(wèn)題。個(gè)別地方在農(nóng)村水利基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)中存在“急于求成”、“急功近利”、“簡(jiǎn)單化”、“行政化”的傾向，與缺乏權(quán)威的規(guī)劃指導(dǎo)有關(guān)系。