363號文件第三條明確指出，各地稅務(wù)機(jī)關(guān)要加強(qiáng)對跨境關(guān)聯(lián)交易的監(jiān)控，重點(diǎn)調(diào)查通過各種途徑將境外經(jīng)營虧損（包括潛在虧損）轉(zhuǎn)移到境內(nèi)以及將境內(nèi)利潤轉(zhuǎn)移至避稅港的跨國企業(yè)，強(qiáng)化功能、風(fēng)險分析和可比性分析，選擇合理的轉(zhuǎn)讓定價方法，確定企業(yè)的利潤水平。

  　　結(jié)合以往經(jīng)驗，有關(guān)專家認(rèn)為三類企業(yè)將是稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行轉(zhuǎn)讓定價調(diào)查的重點(diǎn)：一是利潤陡降或常年虧損的企業(yè)，二是與避稅港關(guān)聯(lián)公司發(fā)生業(yè)務(wù)往來的企業(yè)，三是被質(zhì)疑將利潤轉(zhuǎn)移至中國境外特別是避稅港的跨國企業(yè)。
  　　據(jù)記者了解，這三類企業(yè)向來都是中國稅務(wù)機(jī)關(guān)轉(zhuǎn)讓定價調(diào)查的重點(diǎn)，在《辦法》以及舊《企業(yè)所得稅法》體系下的轉(zhuǎn)讓定價法規(guī)中都有過明確規(guī)定。“363號文件再次強(qiáng)調(diào)，足以說明中國稅務(wù)機(jī)關(guān)對上述三類企業(yè)的關(guān)注程度。”馬健說。他同時表示，按照363號文件的規(guī)定，跨國企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立的承擔(dān)單一生產(chǎn)（來料加工或進(jìn)料加工）、分銷或合約研發(fā)等有限功能和風(fēng)險的企業(yè)將首當(dāng)其沖，面臨的風(fēng)險最大。

  　　林綏提醒說， 363號文件中所指的跨境交易，不僅僅是指直接對外的跨境關(guān)聯(lián)交易，也包括間接的跨境關(guān)聯(lián)交易。換句話說，除了《辦法》第九條規(guī)定的八種關(guān)聯(lián)關(guān)系之外，在實際操作中還存在一些比較模糊狀態(tài)的關(guān)聯(lián)交易。比如，A企業(yè)和B企業(yè)相互獨(dú)立，在股權(quán)、決策等方面都不存在控制與被控制的關(guān)系。但是由于長期合作，A企業(yè)對B企業(yè)形成了依賴性，他們之間就存在著一種間接的關(guān)聯(lián)關(guān)系。從363號文件的精神上理解，上述企業(yè)也將成為稅務(wù)機(jī)關(guān)重點(diǎn)關(guān)注的對象。