歷史地看，中西醫(yī)的產(chǎn)生與發(fā)展過程有著本質(zhì)的不同，這種差異導(dǎo)致了這兩種醫(yī)學(xué)的認(rèn)識論與方法論的根本性區(qū)別。
    中醫(yī)理論是從人對自身乃至宇宙萬物的生命及其能量流動的深刻體驗出發(fā)的，中醫(yī)治病的原理就是調(diào)整人身的能量動態(tài)使之歸于平衡的常態(tài)，中醫(yī)的一切理論都是圍繞這種能量狀態(tài)的消長變化展開的，理法方藥莫不如此。如果偏離了這種觀察思考的角度，處方用藥必將變得毫無方向。所以中醫(yī)學(xué)是以理論為第一要義的，經(jīng)驗只是在理論指導(dǎo)下的實踐的積累。離開了中醫(yī)的基本理論，即使用中藥治病，也只能是簡單的經(jīng)驗醫(yī)學(xué)，不能歸入中醫(yī)純粹的辨證施治體系了。
    西醫(yī)是隨著解剖學(xué)與化學(xué)的發(fā)展產(chǎn)生并發(fā)展起來的，由于起點遠(yuǎn)離了直接的生命體驗，導(dǎo)致了其認(rèn)識論與方法論的機械主義傾向。一般來說，西醫(yī)是把人體當(dāng)作一部機器對待的，西醫(yī)的治療方法除了作用于諸大系統(tǒng)的內(nèi)科化學(xué)療法外，外科的方法更像是木匠或裁縫工作。這樣就忽略了作為一個生命體的個人的生命力的能量存在狀態(tài)，及其作用于人的直接或即發(fā)性病理狀態(tài)。由于其認(rèn)識論與方法論的局限，導(dǎo)致了西醫(yī)治療學(xué)體系的重大缺陷——無法正確診斷能量狀態(tài)的非常態(tài)客觀存在。常見的現(xiàn)實如：病人能夠很明顯地感覺得到自身的某種不適癥狀，但經(jīng)過西醫(yī)病理檢查，卻被告知沒有病，于是，對于病人來說很現(xiàn)實的客觀癥狀就被歪曲成了一種主觀錯覺。還有諸如手術(shù)后病人已經(jīng)死亡，卻得出了手術(shù)非常成功的荒謬結(jié)論，等等。&‘>>
    這些現(xiàn)象從本質(zhì)上來說都是由于其認(rèn)識論與方法論的先天缺陷造成的，中醫(yī)的認(rèn)識論與方法論的客觀實在性與可驗證性，證實了中醫(yī)理論針對疾病治療的正確性的同時，也從客觀上彌補了西醫(yī)方法論上的這種先天不足?？上Ы^大多數(shù)自以為很了解西醫(yī)很相信科學(xué)的明白人并不能清醒地認(rèn)識到這一點，他們熟視無睹或有意回避其局限性，科學(xué)在他們的頭腦中已經(jīng)圖騰為一種拜物教似的迷信。