鍾南山表示，中醫(yī)有幾千年的悠久歷史，并且老百姓愿意接受，必然有非常精華的東西?，F(xiàn)在中醫(yī)是需要更多保護，但不能再過五十年還是講「保護」。瀕危的東西才要保護，中醫(yī)不應該是瀕危的。

他認為，這四、五十年來，中醫(yī)的發(fā)展并不是很好，因為它的研究方法沒有更新，還停留在經(jīng)驗醫(yī)學階段。老中醫(yī)因為很有經(jīng)驗，所以會有很多人找他看病，但他在循證醫(yī)學方面也許做得并不好。

據(jù)悉，循證醫(yī)學（evidence-based medicine, EBM）的思想起源于19世紀中葉，其核心思想是醫(yī)療決策應建基于臨床研究的實證基礎之上。鍾南山認為，中醫(yī)應更多地采用現(xiàn)代醫(yī)學的觀點，對中藥應盡可能找出其有效成分，提取出來，對攻破一些病癥會有幫助。

鍾南山覺得，中醫(yī)的哲學思想跟西醫(yī)不太一樣，不要勉強中西醫(yī)結合，讓它們各自發(fā)展。兩者各有各的特長，應該是各自發(fā)展，共同進步，取長補短。

中醫(yī)研究的方式要進一步改進，不要還是停留在經(jīng)驗醫(yī)學，要采用現(xiàn)代醫(yī)學的觀點。中醫(yī)界現(xiàn)時有人認為用西醫(yī)的方法研究中醫(yī)就是破壞了中醫(yī)的傳統(tǒng)，他不完全同意這個看法。